一、中国烟草曲叶病毒广西株的初步研究（论文文献综述）
彭斌[1]（2019）在《中国葫芦科作物病毒的分布、多样性及进化研究》文中研究表明葫芦科作物是我国重要的经济作物。在中国28种以上病毒侵染为害葫芦科作物,每年可造成高达300亿元人民币的损失。随着全球气候变暖,国际贸易交流频繁,种植地域的扩张以及种植模式的多样化,侵染葫芦科作物的病毒病种类发生报道也逐年增加。本研究调查全国西瓜和甜瓜的主要产区的病毒病的发生情况并采集疑似病毒样本应用二代测序技术（next-generation sequencing,NGS）结合常规检测方法鉴定和检测病毒种类;鉴定了2种葫芦科作物上新发生的马铃薯Y病毒属（Potyvirus）病毒;鉴定了1种侵染西葫芦的马铃薯卷叶病毒属（Polerovirus）新病毒;对4种常见的病毒进行系统进化和单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）分析,本文取得如下主要结果:（1）明确了中国葫芦科作物病毒种类与分布。调查了华南沿海冬季产区,长江以南丘陵产区,华中平原优势产区,西南坡地和山区种植区以及西北旱地优势产区为代表的9个省份,31个区县,52块种植地块的以西瓜和甜瓜为主的葫芦科作物上病毒病发生情况。共采集了288份疑似病毒样本,其中西瓜109份,甜瓜95份,南瓜57份,其他葫芦作物共27份。初步比较了小RNA测序（Small RNA sequencing,sRNA-seq）和去核糖体RNA测序（Ribo-minus RNA sequencing,rmRNA-seq）技术应用于鉴定和检测病毒的差异。应用NGS测序技术和常规检测技术检测到12个属22种病毒,其中已知病毒种21个,新病毒种1种。以病毒核酸类型分类比较,正单链RNA病毒（Positive-sense single-stranded RNA virus,+ssRNA virus）占优;以病毒属分类比较:马铃薯Y病毒属占优;以病毒种分类比较:小西葫芦黄花叶病毒（zucchini yellow mosaic virus）占优;以田间传播类型分类比较:以蚜虫传播方式占优;以侵染单个样本的病毒数量分类;单个病毒侵染样本数量占优。比较分析了不同葫芦科作物中检出病毒的种类与分布差异。比较分析了不同种植地区病毒发生与分布情况,其中明显差异是华南地区以蓟马传播病毒种类占优,而其他地区均是以蚜虫传播方式占优。（2）明确了小西葫芦虎纹花叶病毒和番木瓜畸形花叶病毒的生物学特性和基因组信息。在NGS和RT-PCR鉴定的基础上,测定了小西葫芦虎纹花叶病毒（zucchini tigre mosaic virus）和番木瓜畸形花叶病毒（papaya leaf distortion mosaic virus）的全基因组序列,分析了其基因组特性。ZTMV是一种重组病毒;PLDMV与目前报道的番木瓜株系基因组水平差异较大。通过重组融合方法成功构建了ZTMV和PLDMV侵染性克隆,从多种病毒复合侵染样本中获得2种病毒3个分离物纯化病毒材料并验证了其侵染性和传毒能力。测定了2种病毒4个分离物的寄主范围以及在不同葫芦科作物上的症状表现。（3）发现和鉴定一株马铃薯卷叶病毒属新病毒。我们鉴定了新疆维吾尔自治区阜康市西葫芦上的一株马铃薯卷叶病毒属新病毒命名为小西葫芦蚜传黄化病毒（zucchini aphid-borne yellows virus）。测定该病毒的全长基因组序列5792nt并分析其基因组符合马铃薯卷叶病毒属病毒基因组特性。通过多重比对,系统进化和重组分析明确该病毒由同属的鹰嘴豆褪绿丛矮病毒（chickpea chlorotic stunt virus）与芜菁黄化病毒（turnip yellow virus）,芸苔黄化病毒（brassica yellows virus）进化关系较近的未知病毒重组而来的新病毒。（4）明确了4种常见葫芦科作物病毒的进化特征,发现了一些新类群。基于NGS测序数据获得病毒的近似全长基因组序列用于4种主要病毒系统进化分析。来自本研究的黄瓜花叶病毒（cucumber mosaic virus）全基因组序列遗传多样性不高都属于ⅠB亚组,检测到可能的重配现象;ZYMV的遗传多样性丰富,发现一个区别已报道所有ZYMV分离物的新组,提出ZYMV系统进化可能与地理位置相关性的假设;基于西瓜花叶病毒（watermelon mosaic virus）全基因组序列系统进化关系重新规划了病毒群体的系统进化关系;基于番木瓜花叶病毒（papaya ring spot virus）全基因组序列系统进化分析,定义1个PRSV新组,讨论了PRSV系统进化与寄主和地理位置的相关性。基于NGS数据结合生物信息学方法对4种主要病毒基因组的SNP分析。本论文研究通过大量采集以西瓜甜瓜为主的葫芦科病毒病害样本,通过NGS,结合常规检测方法,明确了中国葫芦科作物病毒发生的种类与分布,建立了中国葫芦科病毒组;鉴定了2种新发生病毒、1种病毒新种;分析了4种常见病毒的进化特征,发现了一些类群。这些研究结果,丰富了对中国乃至世界葫芦科病毒发生与分布的认识,有利于病毒病害的防控。
吴会杰[2]（2019）在《SLCCNV和MNSV侵染性克隆的构建及致病因子鉴定》文中研究指明甜瓜（Cucumis melo）是我国重要的经济作物之一。近年来,新突发病毒病严重影响甜瓜产业发展。中国南瓜曲叶病毒（squash leaf curl China virus）和甜瓜坏死斑点病毒（melon necrotic spot virus）是中国新近报道为害甜瓜的种。为阐明两种病毒的致病机理,构建了SLCCNV和MNSV两种甜瓜病毒的侵染性克隆,分析了病毒编码的病毒致病因子,以期为防控该病毒病奠定基础。目前取得以下结果:1、鉴定了甜瓜是SLCCNV的新寄主,构建了SLCCNV侵染性克隆并进行了烟粉虱传染试验。测定了SLCCNV-HN全基因组序列并进行了系统进化分析,结果表明SLCCNV-HN甜瓜分离物与SLCCNV-Hn南瓜分离物、SLCCNV-Hn61和SLCCNV-SY西葫芦分离物聚为一类。构建了SLCCNV-HN侵染性克隆载体,接种甜瓜后植株矮化、叶片皱缩。进行了烟粉虱传染试验,发现烟粉虱接种的植株表现出与接种野生型一致的症状。2、明确了AC5基因是SLCCNV的致病因子,证实了AC5是SLCCNV编码的沉默抑制子,其沉默抑制活性与核定位信号相关。将表达AC5基因的PVX异源载体接种本氏烟后叶片表现枯斑、皱缩,表明AC5是致病因子并激发了植物的过敏性坏死反应,DAB染色说明过敏性坏死反应与H2O2的积累相关。不仅如此,利用SLCCNV侵染性克隆定点突变AC5基因,进一步证实了AC5基因是该病毒的致病因子。利用p35S-AC5与p35S-GFP共浸润接种16c本氏烟,接种5 d后接种部位出现明显的绿色荧光信号,表明了AC5基因可抑制局部沉默。利用p35S-GFP、p35S-dsGFP和p35S-AC5共浸润野生本氏烟,接种5 d后在接种部位未发现绿色荧光信号,表明AC5不抑制双链GFP（IR-PTGS）诱导的沉默。在AC5基因ORF之前引入终止密码子,明确了AC5是在蛋白水平发挥作用。利用AC5核定位信号缺失突变体与p35S-GFP共浸润16c本氏烟,发现该突变体失去了沉默抑制作用,表明AC5蛋白的核定位信号与沉默抑制活性相关。3、证实了p42是MNSV的致病因子,与寄主因子3-羟基异丁酸脱氢酶（3-Hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like 1,3HID1）互作。将表达p42基因的PVX异源载体接种本氏烟后植株新叶枯死,证实p42是MNSV的致病因子。构建了MNSV侵染性克隆,在此基础上构建了携带GFP的MNSV侵染性克隆载体。在MNSV侵染性克隆的基础上进行了p42基因突变,发现p42的R-domain和S-domain是致病功能域。此外,构建了受MNSV侵染的甜瓜cDNA文库,筛选到与p42互作的6个寄主因子,经酵母双杂交、BIFC及共定位一对一验证,表明3HID1与p42互作,本研究为揭示p42与寄主互作的机制奠定了基础。
杨世安[3]（2017）在《广西西瓜甜瓜病毒种类及主要病毒遗传多样性研究》文中进行了进一步梳理病毒病害是西瓜和甜瓜的一类重要病害,本研究通过血清学和分子生物学方法对广西西甜瓜病毒种类进行检测鉴定,并对3种主要病毒进行了序列测定和遗传多样性分析,建立同步检测3种病毒方法,为进一步探明病毒病发生流行规律和提高防控水平奠定基础。研究结果显示,广西西瓜上至少有7种病毒,分别是:黄瓜花叶病毒（CMV）、烟草花叶病毒（TMV）、西瓜花叶病毒（WMV）、南瓜花叶病毒（SqMV）、黄瓜绿斑驳花叶病毒（CGMMV）、小西葫芦黄化花叶病毒（ZYMV）、番木瓜环斑病毒（PRSV）,其中优势病毒是ZYMV和PRSV,在检出病毒中所占比例分别为41.9%、22.8%;甜瓜上至少有9种病毒,即CMV、TMV、WWV、CGMMV、ZYMV、PRSV以及瓜类褪绿黄化病毒（CCYV）、甜瓜黄斑病毒（MYSV）和甜瓜坏死斑点病毒（MNSV）。ZYMV是露地薄皮甜瓜检出率（18.3%）最高的病毒。CCYV和MYSV是大棚甜瓜上的主要病毒,检出率分别为43.1%、40.5%。广西甜瓜上首次检测发现瓜类坏死斑点病毒（MNSV）。统计发现西瓜上有7种复合侵染类型,甜瓜上有9种复合侵染类型。对3种主要RNA病毒基因组进行序列测定与分析发现:CCYV广西分离物基因组序列与GenBank已登录RNA1核苷酸序列同源性高达99.5%-100%,RNA2核苷酸序列同源性高达99.6%-100%;基于全长序列及CP基因系统进化树分析表明,CCYV各分离物聚在一个分支上;MYSV广西分离物SRNA近全长核苷酸序列与GenBank已登录序列同源性高达94.9%-99.8%。基于S RNA全长核苷酸序列和N基因系统进化树分析表明,MYSV中国大陆分离物聚在一支,与西班牙酸浆分离物亲缘关系较近。MNSV广西分离物近全长核苷酸序列与GenBank已登录序列同源性74.4%-93.8%,各开放阅读框氨基酸序列同源性高达93.0%-100%（除日本两个西瓜分离物）。比对分析发现3’UTR包含一段与瓜类蚜传黄化病毒（CABYV）3’UTR相似性达90%的序列,其功能与分离物MNSV-N是否一致有待研究。系统进化树分析MNSV广西分离物单独成一支,亲缘关系与欧美分离物组最近。本研究还建立了 3种主要病毒（CCYV、MYSV和MNSV）一步多重RT-PCR检测方法,为开展病害流行规律和复合侵染研究提供了更加经济便捷的方法。
班一云[4]（2017）在《湖南、海南省菜豆金色花叶病毒属病毒的鉴定》文中进行了进一步梳理双生病毒科病毒是一类具有孪生颗粒形态的植物单链DNA病毒,由烟粉虱或叶蝉为媒介进行传播,寄主范围十分广泛,在热带和亚热带地区对多种作物造成毁灭性危害。近年来双生病毒在我国的危害范围不断扩大,云南、重庆、海南、广西、山东等多个省份均已发现其侵染,因此对双生病毒的早期检测也变得越来越重要。为了进一步确定双生病毒在我国的传播、分布和发生规律,本论文对从湖南地区采集到的6例和海南采集到的1例疑似双生病毒侵染的样品进行了检测和分子鉴定。2016年,我们在湖南省发现洋姜、番茄、萝卜、赛葵、甘薯和牵牛花等6种植物表现卷叶、叶片发黄、矮化等疑似双生病毒侵染的症状。随后从采集到的叶片样品中分别提取总DNA,并以其为模板进行了RCA（Rolling cycle amplification,RCA）扩增,基于RCA-PCR技术,在未知病毒序列的情况下,通过酶切RCA产物得到了部分病毒基因组片段。根据测得的部分序列,我们设计特异引物去扩增分离物的DNA-A序列全长。在GenBank数据库,将得到的全长核苷酸序列分别进行BLAST同源性检索,结果表明,番茄和牵牛花均被双生病毒侵染:番茄样品分离物的DNA-A组份全长为2 781 nt,与番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV）的分离物TYLCV-YN4392（KU934104）的同源序列相似性最高,为99%;牵牛花样品分离物的DNA-A组份全长为2 827 nt,与甘薯曲叶病毒（Sweet potato leaf curl virus,SPLCV）的分离物SPLCV-JS（FJ176701）的同源序列相似性最高,为99%。同时我们分别利用DNA-B组份的通用引物CR01/CR02和DNAβ的通用引物beta01/beta02对样品进行PCR扩增,结果均未检测到DNA-B或DNAβ组份,这些结果表明我们检测到的番茄分离物和牵牛花分离物均为双生病毒科中的菜豆金色花叶病毒属的单组份DNA-A病毒,共编码6个ORFs（Open Reading Frames,ORF）,其中病毒链编码2个ORFs:AV1和AV2;互补链编码4个ORFs:AC1、AC2、AC3和AC4。这是在湖南省首次发现并报道双生病毒全核苷酸序列。2016年,我们在海南省发现了表现为皱缩、耳突等疑似双生病毒侵染症状的番茄植株,将样品叶片提取DNA后进行RCA扩增,再利用双生病毒的通用引物Bego AFor01/BegoARev1和beta01/beta02对样品进行PCR扩增,将得到的全长核苷酸序列在NCBI数据库中检索,结果表明,该番茄分离物和中国番茄黄曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl China virus,TYLCCNV）的同源性最高,为99%。同时检测到了其伴随的卫星DNAβ序列。这是在海南省首次发现并报道TYLCCNV的全核苷酸序列。
范平民（PHAM BINH DAN）[5]（2016）在《广西甘薯病毒病的检测及2种病毒（SPFMV和SPLCV）的基因组序列分析》文中进行了进一步梳理在广西南宁、崇左、玉林、北海、河池、桂林市进行甘薯病毒病的调查,发现病害的症状表现为叶片明脉、黄脉、花叶、皱缩、叶缘下卷、褪绿斑点等。所调查的甘薯种植区均发现甘薯病毒病,发病株率10%-80%。采集127个疑似感染甘薯病毒病的甘薯植株样品,利用12对引物通过RT-PCR或PCR检测甘薯病毒的种类,并对扩增产物进行测序和所获序列的Blast分析,结果表明：为害广西甘薯的病毒种类有11种,其中包括10种RNA病毒：甘薯羽状斑驳病毒（Sweet potato feathery mottle virus, SPFMV）、甘薯G病毒（Sweet potato virus G, SPVG）、甘薯褪绿矮化病毒（Sweet potato chlorotic stunt virus, SPCSV）、甘薯轻型斑点病毒（Sweet potato mild speaking virus, SPMSV）、甘薯C病毒（Sweet potato virus C, SPVC）、甘薯褪绿斑病毒（Sweet potato chlorotic fleck virus, SPCFV）、黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus, CMV）、甘薯脉花叶病毒（Sweet potato vein mosaic virus, SPVMV）、甘薯潜隐病毒（Sweet potato latent virus, SPLV）、甘薯轻型斑驳病毒（Sweet potato mild mottle virus, SPMMV）,和1种DNA病毒：甘薯卷叶病毒（Sweet potato leaf curl virus, SPLCV）。在127个甘薯样品中,上述11种病毒的检测阳性率在5.51%-37.79%之间。通过RT-PCR及RACE技术克隆了甘薯羽状斑驳病毒广西分离物（SPFMV-GX）的全基因组,SPFMV-GX全基因组核苷酸的长度为10895nt。基因组序列分析表明,SPFMV含有一个开放阅读框（ORF）,编码蛋白质的分子量为：383.4kDa。5’非编码区116个核苷酸,3’非编码区299个核苷酸。将所获得的SPFMV-GX全基因组核苷酸序列在NCBI进行Blast比对,结果显示,SPFMV分离物之间的核苷酸序列的一致性在87.9%-98.4%之间,其中SPFMV-GX与来自西班牙（Spain）的SPFMV-Spain（KU511268）全基因组核苷酸序列一致性最高,为93.3%。用BioEdit对SPFMV-GX全基因组核苷酸序列和SPFMV其他分离物及马铃薯Y病毒属其他成员的全长基因组核苷酸序列共有13个序列进行进化树分析,结果表明SPFMV-GX与SPFMV-Spain关系较近。通过PCR技术克隆了甘薯卷叶病毒广西分离物（SPLCV-GX）全基因组,SPLCV-GX全基因组核苷酸的长度为2828nt,SPLCV含有6个开放阅读框（ORF）,分别编码的蛋白质分子量为：14.5kDa、29.4kDa、40.7kDa、16.7kDa、16.8kDa、9.2kDa。将所获得的SPLCV-GX全基因组核苷酸序列在NCBI进行Blast比对,结果显示SPLCV分离物之间的核苷酸序列的一致性在92.0%-96.8%之间,其中SPLCV-GX与来自中国山东省的SPLCV-Shandong分离物全基因组核苷酸（KF040466）的一致性最高,为96.8%。用BioEdit对SPLCV-GX全基因组核苷酸序列和SPLCV其他分离物的全长基因组序列及菜豆金色花叶病毒属其他分离物的全长基因组核苷酸序列进行进化树分析,结果表明SPLCV-GX与SPLCV-Shandong关系较近。
郭灵芳,张长青,鲁红学,孙正祥,章松柏,张友军,吴祖建[6]（2013）在《简单快速的多糖植物双生病毒核酸提取方法》文中提出以朱槿曲叶病毒病株为材料,结合总DNA提取的CTAB法和质粒提取的离心柱方法,发展一种简单快速的多糖植物双生病毒基因组核酸的提取方法,用聚合酶链式反应（PCR）和实时定量PCR予以验证。结果显示:与目前的2种常用方法相比,改进的方法在灵敏度、时间、价格和产率上都具有一定的优势,更适合于双生病毒基因组核酸的提取和检测应用。
丁英娜[7]（2013）在《我国四省区双生病毒的检测及分子鉴定》文中研究指明双生病毒是一类世界范围内广泛发生的单链环状DNA病毒，己对多个国家和地区的多种重要栽培作物造成毁灭性危害。为进一步明确双生病毒在河南省、河北省、天津市及新疆维吾尔自治区的种类、分布及发生规律,本论文对以上地区采集的样品进行了双生病毒检测和分子鉴定。根据已报道的双生病毒序列设计引物,对来自河南省、河北省及天津市的52份番茄样品进行PCR检测，结果显示50份样品扩增到了长约800bp的特异片段，感染率为96.2％。通过序列测定，获得44份样品的777bp完整外壳蛋白基因序列，序列间的相似性达99.45%,利用GenBank数据库中的BLAST程序进行相似性检索，与其相似性高的均为番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellowleaf curl virus, TYLCV）分离物，与TYLCV上海市分离物SH2（AM282874）、河南省分离物HNSQ（JF414237）、河北省分离物HBBD（JN990922）、山东省分离物SD2A-7（GU199587）、浙江省分离物ZJ6（AM698118）和安徽省分离物AH-HB1（FN650807）等的外壳蛋白基因序列相似性均为99%以上，初步推断，检测阳性样品被TYLCV侵染。2012年，在新疆维吾尔自治区喀什地区、吐鲁番地区和伊犁哈萨克自治州发现番茄、辣椒、茄子、曼陀罗、仙客来、一品红和红掌等7种植物表现矮化、叶片黄化、卷曲等疑似双生病毒的感病症状。检测结果表明：以上7种植物均能被双生病毒侵染。本试验共获得8个病毒分离物，分别为番茄分离物KSCTo4、KSCTo16、KZPTo18、KYCTo20，辣椒分离物KSCPe6、KSCPe7，茄子分离物KSCEg1，曼陀罗分离物KSCDa。8个分离物全部序列均具有菜豆金色花叶病毒属Begomovirus病毒基因组典型特征，分离物在不同寄主上的序列差异较小，序列间相似性达99.0%～99.8%，与中国已报道的TYLCV分离物SH3（FN256258）、 ZJ6（AM698118）、SD2A-7（GU199587）、HNSQ（JF414237）和HBBD（JN990922）的相似性达98.6%～99.5%。这是首次在新疆维吾尔自治区植物样品上分离得到TYLCV，也是TYLCV侵染茄子、仙客来和红掌等的首次报道。对新疆维吾尔自治区伊犁哈萨克自治州采集表现黄化曲叶症状的辣椒样品YYNPe的DNA提取物直接进行PCR检测时，仅扩增得到TYLCV部分片段。对提取的DNA先进行RCA和酶切处理后，再利用双生病毒通用引物AV949/CoPR、PA/PB及SSPF1/SSPR1进行PCR扩增、克隆和序列测定，获得了A1序列（419bp）、A2序列（509bp）、P序列（670bp）和S序列（925bp）。利用NCBI数据库中的BLAST程序进行相似性检索，与A1序列相似性高的均为TYLCV分离物；与A2序列和P序列相似性高的均为中国番木瓜曲叶病毒属（Papaya leaf curl China virus, PaLCuCNV）病毒分离物，与已报道的PaLCuCNV分离物HeZM1（FN256260）、ZX89（JX128102）和ZM1（EU874386）相似性达97%以上；与S序列相似性高的均为伊朗甜菜曲顶病毒属（Beet curly top Iran virus, BCTIV）病毒分离物，与已报道的BCTIV分离物Yazd（EU273816）、IR: Kam: B24K: Sug:08（JQ707943）、IR: Kam:B22K: Sug:08（JQ707941）、 IR: Kam: B19K: Sug:04（JQ707940）、[K]（EU273818）的相似性为85%，而国内此前并无该病毒的报道。
胡京昂,刘雪霞,蔡雨惠,曹刚强,应芳卿[8]（2012）在《河南周口番茄黄化曲叶病病原分子鉴定》文中指出应用分子生物学的方法鉴定了河南周口地区番茄黄化曲叶病的病原。鉴定结果表明,侵染河南周口番茄的双生病毒为番茄黄化曲叶病毒,与安徽AH-HB1分离物相似性最高,达到98.7%;从构建的系统关系树也可以看出,河南周口的番茄黄化曲叶病毒与安徽AH-HB1分离物的亲缘关系最近,推测河南周口番茄黄化曲叶病毒可能来源于安徽。
刘雪霞[9]（2012）在《河南省番茄黄化曲叶病的分子鉴定及变异分析》文中研究说明番茄黄化曲叶病毒是一种以烟粉虱为媒介传播的双生病毒,它引起的番茄黄化曲叶病是严重威胁番茄生产的一种流行病害,其症状主要表现为植株矮化、叶片卷曲、叶边缘黄化等。该病在2002年传入我国南方省份；2005年以后,特别是最近几年,在我国广西、浙江、江苏、山东、河北等地暴发流行；2007年9月扶沟县夏秋茬大棚番茄上发生黄化曲叶病,这是该病在河南省首次发生；2009年秋季该病在河南暴发,严重影响了番茄的产量和质量。本研究对河南省16个番茄主产地区植株病样进行采集,提取叶片总DNA,并根据已报道病毒外壳蛋白基因保守序列设计简并引物,进行PCR扩增得到770bp的特异片段,将其克隆到pMD18-T载体中,进行测序和序列对比分析。结果发现：河南省16个番茄主产地区的番茄叶片总DNA含有病毒保守基因序列,说明已全部被烟粉虱传播的番茄黄化曲叶病毒侵害感染,且它们之间的同源性非常高,达到99.7%。由于16个番茄主产地区病毒基因保守序列同源性非常高,可以确定是由同一病毒感染引起。以滑县样品为例,进行病毒全长测定。设计一对相邻背向引物,以番茄叶片的总DNA为模板,用PCR方法扩增病毒全基因组DNA-A的全序列。通过对DNA-A全基因组的扩增、回收、连接、转化、筛选、鉴定及序列分析发现,病毒基因组全长为2780nt,含有6个开放阅读框：病毒链编码AV1和AV2,互补链编码AC1、AC2、AC3和AC4。滑县病原分离物全长与国内外已报道番茄黄化曲叶病毒全长的同源率均大于92%,其中与山东分离物DNA-A的同源率最高,达到99.4%。另外我们用双生病毒DNAP的通用引物Beta01和Beta02对16个地区番茄的总DNA进行扩增,发现病毒只有中牟分离物的样品中含有DNAβ,该成分提高了寄主内病毒DNA分子的侵染能力。
蒙姣荣,李战彪,韦茂春,邹承武,廖咏梅,陈保善[10]（2012）在《广西部分烟区烟草曲叶病病原的分子鉴定》文中认为[目的]明确广西西部地区靖西（JX）、凌云（LY）、德保（DB）和乐业（LeY）等4个县市烟草曲叶病的病原。[方法]2010年5-6月分别从广西靖西、凌云、德保和乐业等县市采集具有典型曲叶症状的烟草叶片,用基于双生病毒DNA保守序列设计简并引物Bego-1和Bego-6对病叶组织总DNA抽提物进行PCR扩增和对PCR产物进行序列测定,用BLAST、Vector NTI、MEGA 4.0和Simplot program 3.2软件等进行病毒序列分析、系统进化树构建和病毒重组分析。[结果]从选取的9个表现典型曲叶症状的样品叶组织总DNA抽提物中均可扩增出约1500bp与预期大小相符的DNA片段。测序和序列比对分析显示,9个样品扩增产物核苷酸序列相似性为73.7%～99.2%,与已报道的双生病毒具较高的相似性。其中,JX-2与中国番茄曲叶病毒广西番茄分离物（G32）的相似性最高,达99.2%;JX-3和JX-5与云南胡椒曲叶病毒云南辣椒分离物（YN323）相似性最高,分别为92.5%和93.4%;LeY-1、LY-1、DB-1、JX-1、JX-4和JX-6则与中国番茄黄化曲叶病毒中国番茄分离物（CHI）和广西烟草分离物（G102）的相似性最高,均高于95.0%。基于PCR扩增产物及已报道的双生病毒属代表种相应核苷酸序列构建的系统进化树分析表明,9个广西烟草分离物分属3个簇群:中国番茄曲叶病毒簇、云南辣椒曲叶病毒簇和中国番茄黄化曲叶病毒簇。重组分析结果表明:JX-3是云南辣椒曲叶病毒和中国番茄曲叶病毒的重组病毒,JX-5是云南辣椒曲叶病毒和中国番茄黄化曲叶病毒的重组病毒。[结论]9个广西烟草分离物分属于4种双生病毒:中国番茄曲叶病毒和中国番茄黄化曲叶病毒,以及分别由上述两种病毒与云南辣椒曲叶病毒重组而来的2种重组病毒。其中,中国番茄曲叶病毒自然侵染烟草、云南辣椒曲叶病毒和中国番茄曲叶病毒及中国番茄黄化曲叶病毒的重组病毒等结果此前均未见报道。
二、中国烟草曲叶病毒广西株的初步研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、中国烟草曲叶病毒广西株的初步研究（论文提纲范文）
（1）中国葫芦科作物病毒的分布、多样性及进化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 侵染葫芦科作物的病毒种类 |
| 1.3 中国葫芦科作物发生现状 |
| 1.3.1 布尼亚病毒目 |
| 1.3.2 小RNA病毒目 |
| 1.3.3 芜菁黄花叶病毒目 |
| 1.3.4 混合病毒科 |
| 1.3.5 雀麦花叶病毒科 |
| 1.3.6 长线型病毒科 |
| 1.3.7 内生病毒科 |
| 1.3.8 双生病毒科 |
| 1.3.9 黄症病毒科 |
| 1.3.10 双分病毒科 |
| 1.3.11 马铃薯Y病毒科 |
| 1.3.12 番茄丛矮病毒科 |
| 1.3.13 植物杆状病毒科 |
| 1.4 主要葫芦科作物病毒的遗传多样性研究 |
| 1.4.1 番茄斑萎病毒属遗传多样性 |
| 1.4.2 黄瓜花叶病毒遗传多样性 |
| 1.4.3 马铃薯卷叶病毒属遗传多样性 |
| 1.4.4 马铃薯Y病毒属遗传多样性 |
| 1.4.5 甜瓜坏死斑点病毒遗传多样性 |
| 1.5 应用高通量测序技术鉴定植物病毒及遗传变异的研究进展 |
| 1.5.1 应用NGS于植物病毒鉴定的测序方法 |
| 1.5.2 植物病毒组数据分析 |
| 1.5.3 NGS测序应用园艺作物病毒检测和鉴定 |
| 1.6 技术路线与研究目的和意义 |
| 第二章 中国葫芦作物病毒种类与地理分布特点 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 病毒样本采集 |
| 2.2.2 研究方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 中国葫芦科作物病毒田间样品采集 |
| 2.3.2 两种不同NGS测序方法的鉴定植物病毒初步比较 |
| 2.3.3 中国葫芦科作物病毒发生种类 |
| 2.3.4 中国主要产区间病毒种类和传毒方式比较 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 小西葫芦虎纹花叶病毒和番木瓜叶畸形花叶病毒侵染性克隆的构建和生物学特性研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 研究材料 |
| 3.2.2 研究方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 ZTMV和 PLDMV田间症状以及VirusDetect组装contig结果 |
| 3.3.2 ZTMV和 PLDMV全基因组特性及系统进化分析 |
| 3.3.3 ZTMV和 PLDMV侵染性克隆构建与生物学鉴定 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 1种侵染西葫芦的马铃薯卷叶病毒属病毒的发现鉴定 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 病毒材料来源 |
| 4.2.2 实验方法 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 血清学和RT-PCR检测 |
| 4.3.2 NGS测序结果分析 |
| 4.3.3 ZABYV基因组特性 |
| 4.3.4 ZABYV基因组的系统进化和重组分析 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 中国主要葫芦科作物病毒的系统进化与SNP变异初步分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 NGS数据中获取病毒全基因组序列 |
| 5.2.2 系统进化分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 CMV系统进化分析 |
| 5.3.2 ZYMV的系统进化分析 |
| 5.3.3 WMV的系统进化分析 |
| 5.3.4 PRSV系统进化分析 |
| 5.3.5 CMV,ZYMV,WMV和 PRSV的 SNP分析 |
| 5.4 讨论 |
| 第六章 全文结论及展望 |
| 6.1 全文结论 |
| 6.2 下一步研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录 Ⅰ 葫芦科作物病毒名录 |
| 附录 Ⅱ 本研究用于RT-PCR检测于鉴定的引物 |
| 附录 Ⅲ 采样地理信息表 |
| 附录 Ⅳ 病毒样本信息以及检测结果 |
| 附录 Ⅴ 作者简介 |
| 附录 Ⅵ 研究生期间已发表论文 |
| 致谢 |
（2）SLCCNV和MNSV侵染性克隆的构建及致病因子鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 侵染我国葫芦科作物病毒种类 |
| 1.2 SLCCNV研究背景 |
| 1.2.1 双生病毒的发生与为害 |
| 1.2.2 双生病毒分类及基因组结构 |
| 1.2.3 Begomovirus基因组特征及为害 |
| 1.2.4 SLCCNV生物学特征及研究现状 |
| 1.3 MNSV研究背景 |
| 1.3.1 分类地位、特性与分布 |
| 1.3.2 病毒编码的基因及其致病性 |
| 1.3.3 病毒在细胞间的移动 |
| 1.3.4 病毒传播因素 |
| 1.3.5 植物抗病毒研究 |
| 1.3.6 寄主植物响应MNSV入侵的应答反应 |
| 1.4 侵染性克隆载体的构建及应用 |
| 1.4.1 植物病毒侵染性克隆载体构建 |
| 1.4.2 植物病毒侵染性克隆的应用 |
| 1.5 病毒编码的沉默抑制子 |
| 1.5.1 基因沉默 |
| 1.5.2 病毒编码的RNA沉默抑制子及其作用原理 |
| 1.6 本研究的意义及内容 |
| 第二章 SLCCNV侵染性克隆的构建 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 材料 |
| 2.2.2 方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 田间甜瓜病叶检测 |
| 2.3.2 基因组结构 |
| 2.3.3 基因重组分析 |
| 2.3.4 系统进化分析 |
| 2.3.5 侵染性克隆致病性鉴定及烟粉虱传染 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 AC5是SLCCNV编码的致病因子 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 材料 |
| 3.2.2 方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 AC5系统进化分析 |
| 3.3.2 AC5的C端激发过敏性坏死反应 |
| 3.3.3 AC5是SLCCNV的致病因子 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 SLCCNV AC5沉默抑制功能及其沉默机制 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 材料 |
| 4.2.2 方法 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 AC5抑制局部沉默 |
| 4.3.2 AC5抑制沉默信号的系统运输 |
| 4.3.3 AC5的C端决定沉默活性 |
| 4.3.4 AC5不抑制双链dsRNA沉默 |
| 4.3.5 AC5沉默在蛋白水平起作用 |
| 4.3.6 核定位信号与PTGS关系 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 携带GFP的 MNSV侵染性克隆重组载体构建 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 材料 |
| 5.2.2 方法 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 5'端和3'端序列分析 |
| 5.3.2 MNSV基因组序列及编码蛋白 |
| 5.3.3 MNSV基因组聚类分析 |
| 5.3.4 侵染性克隆载体的构建 |
| 5.3.5 携带GFP的 MNSV侵染性克隆重组载体 |
| 5.4 讨论 |
| 第六章 MNSV p42与寄主因子互作筛选 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 材料 |
| 6.2.2 方法 |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.3.1 p42基因致病力鉴定 |
| 6.3.2 p42突变体致病力分析 |
| 6.3.3 整株甜瓜cDNA文库评价 |
| 6.3.4 p42与寄主因子互作筛选 |
| 6.4 讨论 |
| 第七章 全文结论及后续研究设想 |
| 7.1 全文结论 |
| 7.2 后续研究设想 |
| 参考文献 |
| 附录Ⅰ:部分载体图谱 |
| 附录Ⅱ:部分试剂 |
| 附录Ⅲ:本研究所用引物 |
| 附录Ⅳ:作者简介 |
| 附录Ⅴ:攻读博士研究生阶段的成绩 |
| 致谢 |
（3）广西西瓜甜瓜病毒种类及主要病毒遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 前言 |
| 1.1 西甜瓜产业现状 |
| 1.2 葫芦科作物病毒概述 |
| 1.2.1 侵染葫芦科作物病毒种类的多样性 |
| 1.2.2 我国瓜类作物病毒研究概况 |
| 1.2.3 西甜瓜病毒广西分离物研究进展 |
| 1.3 3种西甜瓜病毒研究进展 |
| 1.3.1 瓜类褪绿黄化病毒(CCYV)的研究进展 |
| 1.3.2 甜瓜黄斑病毒(MYSV)的研究进展 |
| 1.3.3 甜瓜坏死斑点病毒(MNSV)的研究进展 |
| 1.4 西甜瓜病毒检测技术 |
| 1.4.1 生物学鉴定方法 |
| 1.4.2 电子显微镜鉴定法 |
| 1.4.3 血清学检测技术 |
| 1.4.4 分子生物学检测技术 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 西甜瓜病毒样本 |
| 2.1.2 实验试剂 |
| 2.1.3 主要实验仪器 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 ELISA检测方法 |
| 2.2.1.1 间接ELISA |
| 2.2.1.2 双抗夹心ELISA |
| 2.2.2 RT-PCR检测 |
| 2.2.2.1 植物总RNA的提取 |
| 2.2.2.2 引物设计 |
| 2.2.2.3 一步RT-PCR扩增反应体系与条件 |
| 2.2.2.4 两步RT-PCR扩增反应 |
| 2.2.2.5 PCR产物的纯化与回收 |
| 2.2.3 DNA分子克隆测序 |
| 2.2.3.1 DNA连接反应 |
| 2.2.3.2 重组质粒转化 |
| 2.2.3.3 质粒DNA提取 |
| 2.2.3.4 质粒酶切验证 |
| 2.2.3.5 核酸序列的测定及分析 |
| 2.2.4 一步法多重RT-PCR检测方法的建立 |
| 2.2.4.1 多重RT-PCR总RNA提取 |
| 2.2.4.2 多重RT-PCR引物设计与筛选 |
| 2.2.4.3 多重RT-PCR的反应体系及条件 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 广西西甜瓜病毒病病原检测 |
| 3.1.1 广西西甜瓜病毒病田间症状与样本采集 |
| 3.1.2 西甜瓜病毒样本ELISA检测 |
| 3.1.3 广西西甜瓜病毒病病原的分子鉴定 |
| 3.1.3.1 西甜瓜病叶总RNA的提取 |
| 3.1.3.2 甜瓜褪绿黄化病毒的分子检测 |
| 3.1.3.3 甜瓜黄化斑点病毒的分子检测 |
| 3.1.3.4 甜瓜坏死斑病毒的分子检测 |
| 3.1.3.5 RT-PCR检测结果 |
| 3.2 三种甜瓜病毒分子克隆测序与分析 |
| 3.2.1 瓜类褪绿黄化病毒(CCYV)克隆测序与分析 |
| 3.2.1.1 RNA2近全长序列同源性及变异分析 |
| 3.2.1.2 RNA1近全长序列同源性及变异分析 |
| 3.2.1.3 CCYV系统进化树分析 |
| 3.2.2 甜瓜黄斑病毒(MYSV)SRNA克隆测序与分析 |
| 3.2.2.1 MYSV SRNA近全长核苷酸序列分析 |
| 3.2.2.2 MYSV S RNA系统进化树分析 |
| 3.2.3 甜瓜坏死斑点病毒(MNSV)全长克隆测序与分析 |
| 3.2.3.1 MNSV近全长核苷酸序列分析 |
| 3.2.3.2 MNSV系统进化树分析 |
| 3.3 一步法多重RT-PCR检测方法的建立 |
| 3.3.1 用于多重RT-PCR构建的总RNA提取 |
| 3.3.2 单重RT-PCR条件探索 |
| 3.3.3 两重RT-PCR条件探索 |
| 3.3.4 三重RT-PCR建立 |
| 3.3.5 多重RT-PCR灵敏度测试和田间样品验证 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 广西西甜瓜病毒检测 |
| 4.1.2 3种甜瓜病毒序列分析 |
| 4.1.3 一步多重RT-PCR方法的建立 |
| 4.2 结论 |
| 参考文献 |
| 附录Ⅰ 实验过程中所用到的溶液及培养基配制 |
| 附录Ⅱ 论文中用到的分离物信息 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
（4）湖南、海南省菜豆金色花叶病毒属病毒的鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 英文缩略表 |
| 第一章 引言 |
| 1.1 双生病毒的发生与危害 |
| 1.2 双生病毒的检测 |
| 1.2.1 血清学检测 |
| 1.2.2 核酸杂交检测 |
| 1.2.3 PCR检测法 |
| 1.2.4 滚环扩增 |
| 1.2.5 高通量测序 |
| 1.3 双生病毒的分类和基本特征 |
| 1.4 番茄黄化曲叶病毒的研究概况 |
| 1.5 甘薯曲叶病毒的研究概况 |
| 1.6 中国番茄黄曲叶病毒的研究概况 |
| 1.7 双生病毒的分类原则 |
| 第二章 湖南省番茄和牵牛花上的双生病毒分子鉴定 |
| 2.1 材料和仪器 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 菌种和载体 |
| 2.1.3 主要试剂 |
| 2.1.4 主要溶液的配方 |
| 2.1.5 主要仪器 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 叶片总DNA提取 |
| 2.2.2 病毒基因组的滚环扩增（RCA） |
| 2.2.3 酶切样品RCA产物 |
| 2.2.4 DNA片段的纯化 |
| 2.2.5 PCR扩增 |
| 2.2.6 DNA克隆技术 |
| 2.2.7 重组质粒的鉴定 |
| 2.2.8 基因组序列测定和分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 RCA产物酶切检测结果 |
| 2.3.2 DNA-A全长序列扩增 |
| 2.3.3 TYLCV-HN和SPLCV-HN的基因组结构 |
| 2.3.4 TYLCV-HN及SPLCV-HN的序列分析 |
| 2.3.5 TYLCV-HN及SPLCV-HN的进化树构建及分析 |
| 2.3.6 DNA-B组份检测结果 |
| 2.3.7 DNAβ 组份检测结果 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 海南省番茄上的双生病毒的分子鉴定 |
| 3.1 材料和仪器 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 菌种和载体 |
| 3.1.3 主要试剂 |
| 3.1.4 主要溶液的配方 |
| 3.1.5 主要仪器 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 叶片总DNA提取 |
| 3.2.2 病毒基因组的滚环扩增（RCA） |
| 3.2.3 PCR产物的纯化 |
| 3.2.4 PCR扩增 |
| 3.2.5 DNA克隆技术 |
| 3.2.6 重组质粒的鉴定 |
| 3.2.7 基因组序列测定和分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 DNA-A组份检测结果 |
| 3.3.2 DNA-A组份全长扩增 |
| 3.3.3 DNA-A组份的基因组结构 |
| 3.3.4 DNA-A组份的BLAST序列分析 |
| 3.3.5 DNA-A组份的进化树构建及分析 |
| 3.3.6 DNA-B组份检测结果 |
| 3.3.7 DNAβ 组份检测结果 |
| 3.3.8 DNA-β 组份的基因组结构 |
| 3.3.9 DNAβ 组份的序列分析 |
| 3.3.10 DNAβ 组份的进化树构建及分析 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 全文结论 |
| 附文 绣球环斑病毒在中国的首次分离和序列鉴定 |
| 1 材料和仪器 |
| 2 方法 |
| 3 结果与分析 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（5）广西甘薯病毒病的检测及2种病毒（SPFMV和SPLCV）的基因组序列分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 甘薯生产情况 |
| 1.2 甘薯病毒病症状 |
| 1.3 国外报道的为害甘薯的病毒种类 |
| 1.4 中国报道的为害甘薯的病毒种类 |
| 1.5 甘薯病毒病的检测技术 |
| 1.5.1 目测法 |
| 1.5.2 指示植物嫁接检测法 |
| 1.5.3 电镜检测法 |
| 1.5.4 血清学检测法 |
| 1.5.5 分子生物学方法 |
| 1.6 甘薯羽状斑驳病毒 |
| 1.7 甘薯卷叶病毒 |
| 1.8 本研究目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 广西甘薯病毒病样品的采集和保存 |
| 2.1.2 菌株和载体 |
| 2.1.3 酶及试剂 |
| 2.1.4 主要仪器设备及厂家 |
| 2.1.5 培养基 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 广西甘薯病毒病田间调查方法 |
| 2.2.2 甘薯总RNA提取 |
| 2.2.3 cDNA合成 |
| 2.2.4 甘薯总DNA提取 |
| 2.2.5 引物设计与合成 |
| 2.2.6 PCR反应 |
| 2.2.7 快速扩增cDNA的5’RACE末端 |
| 2.2.8 快速扩增cDNA的3’-RACE末端 |
| 2.2.9 PCR产物的回收纯化 |
| 2.2.10 大肠杆菌感受态细胞的制备 |
| 2.2.11 连接 |
| 2.2.12 转化反应 |
| 2.2.13 菌落PCR签定 |
| 2.2.14 提取质粒 |
| 2.2.15 序列测定与分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 广西甘薯病毒病的田间调查 |
| 3.2 广西甘薯病毒病的病毒检测 |
| 3.2.1 甘薯总RNA和总DNA的提取 |
| 3.2.2 广西甘薯病毒病的病毒种类检测 |
| 3.2.3 不同甘薯病毒的检出率及其分布情况 |
| 3.2.4 广西甘薯病毒复合侵染 |
| 3.3 SPFMV广西分离物全基因组序列测定与分析 |
| 3.3.1 SPFMV广西分离物全基因组序列克隆 |
| 3.3.2 SPFMV不同分离物的一致性比较分析 |
| 3.3.3 构建SPFMV的系统进化树 |
| 3.4 SPLCV广西分离物全基因组序列测定与分析 |
| 3.4.1 SPLCV广西分离物全基因组序列克隆 |
| 3.4.2 SPLCV分离物的一致性比较分析 |
| 3.4.3 构建SPLCV广西分离物的系统进化树 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 广西甘薯病毒病检测 |
| 4.1.2 SPFMV全基因组序列分析 |
| 4.1.3 SPLCV全基因组序列分析 |
| 4.2 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录A: 2种病毒(SPFMV和SPLCV)的基因组序列 |
| 附录B: 攻读学位期间所发表论文目录 |
（6）简单快速的多糖植物双生病毒核酸提取方法（论文提纲范文）
| 1 双生病毒 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 CTAB法提取植物的总DNA |
| 2.3 离心柱法提取植物的总DNA |
| 2.4 改进后的植物总DNA提取方法 |
| 2.5 PCR检测和灵敏性分析 |
| 2.6 Real Time PCR反应 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 PCR检测结果 |
| 3.2 Real Time PCR反应结果 |
| 4 讨论 |
（7）我国四省区双生病毒的检测及分子鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 双生病毒的发生及危害 |
| 1.2 双生病毒的分类 |
| 1.3 双生病毒命名 |
| 1.4 双生病毒侵染过程 |
| 1.4.1 双生病毒的复制 |
| 1.4.2 双生病毒的转录 |
| 1.4.3 双生病毒的移动 |
| 1.4.4 包壳和传毒 |
| 1.5 双生病毒的致病相关因子 |
| 1.5.1 C4 |
| 1.5.2 C2/AC2 |
| 1.5.3 BC1 和 BV14 |
| 1.5.4 卫星 DNAβ编码的βC1 |
| 1.6 双生病毒的变异与进化 |
| 1.6.1 双生病毒的变异 |
| 1.6.2 双生病毒的进化 |
| 1.7 双生病毒的复合侵染 |
| 1.8 双生病毒与小分子 DNA 形成的病害复合体 |
| 1.8.1 病毒的缺陷型分子 |
| 1.8.2 DNAα分子 |
| 1.8.3 DNAβ分子 |
| 1.9 杂草在双生病毒传播中的作用 |
| 1.10 双生病毒的检测方法 |
| 1.10.1 血清学方法 |
| 1.10.2 PCR 方法 |
| 1.10.3 核酸杂交方法 |
| 1.10.4 滚环扩增方法 |
| 第二章 三个省区番茄黄化曲叶病病原分子鉴定 |
| 2.1 实验材料与仪器 |
| 2.1.1 供试材料 |
| 2.1.2 菌株和质粒 |
| 2.1.3 主要试剂 |
| 2.1.4 主要溶液的配制 |
| 2.1.5 主要仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 植物总 DNA 的提取 |
| 2.2.2 PCR 扩增 |
| 2.2.3 DNA 克隆技术 |
| 2.2.4 序列测定和分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 DNA-A 组分检测结果 |
| 2.3.2 DNA-B 及 DNAβ组分检测结果 |
| 2.3.3 外壳蛋白基因序列相似性比对 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 新疆维吾尔自治区几种植物上黄化曲叶病病原分子鉴定 |
| 3.1 实验材料与方法 |
| 3.1.1 供试材料 |
| 3.1.2 菌株和质粒 |
| 3.1.3 主要试剂 |
| 3.1.4 主要溶液的配制 |
| 3.1.5 主要仪器 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 植物总 DNA 的提取 |
| 3.2.2 PCR 扩增 |
| 3.2.3 DNA 克隆技术 |
| 3.2.4 序列测定和序列分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 DNA-A 组分检测结果 |
| 3.3.2 DNA-B 及 DNAβ组分检测结果 |
| 3.3.3 基因组部分序列分析 |
| 3.3.4 新疆分离物基因组全序列及其特点 |
| 3.3.5 新疆分离物与其他地区分离物的相似性比较 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 新疆维吾尔自治区伊犁哈萨克自治州辣椒黄化曲叶病病原分子鉴定 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 菌株和质粒 |
| 4.1.3 主要试剂 |
| 4.1.4 主要溶液的配制 |
| 4.1.5 主要仪器 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 植物总 DNA 的提取 |
| 4.2.2 滚环扩增 |
| 4.2.3 PCR 扩增 |
| 4.2.4 DNA 克隆技术 |
| 4.2.5 序列测定和序列分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 全文结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（8）河南周口番茄黄化曲叶病病原分子鉴定（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 叶片总DNA提取 |
| 1.3 PCR扩增、克隆和序列分析 |
| 1.4 序列分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 PCR检测结果 |
| 2.2 序列分析 |
| 3 结论与讨论 |
（9）河南省番茄黄化曲叶病的分子鉴定及变异分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 双生病毒的传播及危害 |
| 1.2 双生病毒科的四个属及其基因组结构 |
| 1.2.1 玉米线条病毒属 |
| 1.2.2 甜菜曲顶病毒属 |
| 1.2.3 番茄伪曲顶病毒属 |
| 1.2.4 菜豆金色花叶病毒属 |
| 1.3 与菜豆金色花叶病毒伴随的小分子DNA |
| 1.3.1 DNA1分子及特征 |
| 1.3.2 DNAβ分子及特征 |
| 1.4 番茄黄化曲叶病毒的分类地位及特征 |
| 1.5 双生病毒的侵染过程 |
| 1.5.1 双生病毒的复制 |
| 1.5.2 双生病毒的转录 |
| 1.5.3 双生病毒的移动 |
| 1.6 双生病毒对RNA的沉默抑制 |
| 1.7 双生病毒的检测方法 |
| 1.7.1 血清学检测方法 |
| 1.7.2 PCR检测方法 |
| 1.7.3 核酸杂交检测方法 |
| 1.7.4 滚环扩增技术(rolling circle amplification,RCA) |
| 1.8 番茄黄化曲叶病毒病发生与防治 |
| 1.9 本课题研究意义 |
| 1.10 研究内容及实验技术路线 |
| 1.10.1 研究内容 |
| 1.10.2 试验技术路线 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 毒源和植物材料 |
| 2.2 菌种及载体 |
| 2.3 主要试剂的配制 |
| 2.4 试验仪器 |
| 2.5 毒源病叶PCR检测 |
| 2.5.1 毒源病叶总DNA的提取 |
| 2.5.2 PCR检测引物 |
| 2.5.3 PCR反应体系 |
| 2.5.4 反应参数 |
| 2.6 HN1-HN16分离物DNA克隆及其序列分析 |
| 2.6.1 HN1-HN16分离物中777bp片段的克隆与序列分析 |
| 2.6.2 HN1分离物DNA-A全长克隆及序列分析 |
| 2.6.3 HN8分离物DNAβ的扩增、克隆和序列分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 TYLCV的发病症状 |
| 3.2 河南番茄黄化曲叶病毒分离物HN1-HN16的DNA-A 777bp片段的克隆结果 |
| 3.2.1 病毒分离物HN1-HN16的DNA-A777bp片段的PCR检测结果 |
| 3.2.2 病毒分离物HN1-HN16的DNA-A777bp片段的序列分析 |
| 3.3 HN1分离物DNA-A全长克隆及序列分析 |
| 3.3.1 HN1分离物DNA-A全长PCR扩增结果 |
| 3.3.2 HN1分离物DNA-A全长序列分析结果 |
| 3.3.3 HN1分离物系统进化分析结果 |
| 3.4 HN8病毒分离物DNAp扩增结果及序列分析 |
| 3.4.1 HN8病毒分离物DNAβ扩增结果 |
| 3.4.2 HN8病毒分离物DNAβ序列及系统进化分析 |
| 3.4.3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 附录A:GenBank登录号 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
| 在校期间发表的论文 |
（10）广西部分烟区烟草曲叶病病原的分子鉴定（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 病样来源 |
| 1.1.2 菌株与质粒 |
| 1.1.3 试剂耗材 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 总DNA的提取 |
| 1.2.2 引物合成与PCR扩增 |
| 1.2.3 克隆与测序 |
| 1.2.4 序列分析 |
| 2 结果分析 |
| 2.1 烟草曲叶病的田间流行调查 |
| 2.2 病原的PCR检测 |
| 2.3 双生病毒序列分析 |
| 3 结论与讨论 |
四、中国烟草曲叶病毒广西株的初步研究（论文参考文献）
- [1]中国葫芦科作物病毒的分布、多样性及进化研究[D]. 彭斌. 华中农业大学, 2019
- [2]SLCCNV和MNSV侵染性克隆的构建及致病因子鉴定[D]. 吴会杰. 华中农业大学, 2019
- [3]广西西瓜甜瓜病毒种类及主要病毒遗传多样性研究[D]. 杨世安. 广西大学, 2017(02)
- [4]湖南、海南省菜豆金色花叶病毒属病毒的鉴定[D]. 班一云. 中国农业科学院, 2017(05)
- [5]广西甘薯病毒病的检测及2种病毒（SPFMV和SPLCV）的基因组序列分析[D]. 范平民（PHAM BINH DAN）. 广西大学, 2016(02)
- [6]简单快速的多糖植物双生病毒核酸提取方法[J]. 郭灵芳,张长青,鲁红学,孙正祥,章松柏,张友军,吴祖建. 实验技术与管理, 2013(06)
- [7]我国四省区双生病毒的检测及分子鉴定[D]. 丁英娜. 中国农业科学院, 2013(02)
- [8]河南周口番茄黄化曲叶病病原分子鉴定[J]. 胡京昂,刘雪霞,蔡雨惠,曹刚强,应芳卿. 长江蔬菜, 2012(20)
- [9]河南省番茄黄化曲叶病的分子鉴定及变异分析[D]. 刘雪霞. 郑州大学, 2012(10)
- [10]广西部分烟区烟草曲叶病病原的分子鉴定[J]. 蒙姣荣,李战彪,韦茂春,邹承武,廖咏梅,陈保善. 植物保护, 2012(02)