一、比较基因组杂交技术在淋巴瘤遗传学研究中的应用（论文文献综述）
刘梦[1]（2021）在《伴有额外染色体异常的Ph+慢性粒细胞性白血病患者基因组改变的研究》文中认为目的:慢性粒细胞性白血病（Chronic Myeloid Leukemia,CML）以9号和22号染色体之间平衡易位所形成的费城（Philadelphia,Ph）染色体为特征性改变。除Ph染色体外,非随机的、多样的染色体畸变的出现被认为是CML发生了克隆演变（Clonal Evolution,CE）,在慢性期（Chronic Phase,CP）患者中少见,往往与疾病进展和不良预后有关。本研究通过整合应用染色体核型分析、荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization,FISH）、微阵列比较基因组杂交（Array comparative genomic hybridization,aCGH）和全外显子组测序（Whole exome sequencing,WES）检测技术,旨在发现CML发生Ph染色体以外的克隆性染色体改变时基因组变化特点,揭示与CML相关的潜在基因,探讨其在CML疾病发生发展中的意义,从而增加对CML遗传学异常的认知,为CML患者的诊断和治疗提供新的思路。方法:收集2000年至2019年,在美国俄克拉荷马大学健康医学中心遗传学实验室诊断为CML的患者骨髓或外周血标本。应用染色体核型分析和FISH检测患者的细胞遗传学异常。对只具有Ph染色体改变的患者应用aCGH技术分析其基因组拷贝数变异（Copy Number Variations,CNVs）情况。在慢性期CML患者中随机选取10例伴有额外染色体异常（Additional Chromosomal Abnormalities,ACAs）的患者和10例经aCGH检测后仍只具有Ph染色体改变的患者,分别纳入实验组和对照组进行全外显子组测序,应用生物信息学分析对基因变异进行过滤和注释,对比两组变异发生的频率,筛选出与慢性粒细胞性白血病患者发生额外染色体异常相关的基因体细胞变异。结果:本研究我们共收集了106例CML患者的样本,进行常规细胞遗传学检测后在84例患者中只发现了Ph染色体的产生和BCR-ABL1融合基因的形成,在其余的22例患者中发现了除Ph染色体外的其他染色体克隆性改变。84例患者中有49例成功提取了DNA进行aCGH检测,最终在11例（22.4%）患者中发现了17个致病性的基因组拷贝数变异。9号染色体长臂部分丢失del（9q）是其中最常出现的CNVs,发生在5例（45.5%）患者中,累及的染色体区段为9q34.11-q34.12。3例（60%）患者的del（9q）片段中涵盖了ASS1基因,其中2例患者同时观察到BCR-ABL1融合基因信号的缺失。20例慢性期CML患者经全外显子组测序后共获得了122.05Gb的原始数据,样本平均测序深度42.41×（16.69×～72.37×）,平均序列覆盖度为96.40%。实验组的基因组总体变异个数、单核苷酸变异（Single-Nucleotide Variants,SNV）个数,插入和缺失变异（Insersion and Deletion,INDEL）个数均比对照组多,但两组变异个数之间的差异并未发现具有统计学意义（P>0.05）。两组共发现159个可引起氨基酸改变并导致所编码蛋白质功能变化的编码区体细胞变异,实验组体细胞变异数目高于对照组（实验组88个,对照组71个,P>0.05）,其中常见于CML的肿瘤相关体细胞变异19个,包括10个错义单核苷酸变异,3个非移码缺失变异,2个移码缺失变异和4个终止子获得变异。非移码变异rs57875368（COSM1476940,NM＿007350:exon1:c.582＿584del:p.194＿195del）是实验组中高频出现的变异（实验组6/10例,对照组1/10例,P=0.043）,该变异位点定位于基因PHLDA1编码区。在实验组中我们还发现了两个尚未在单核苷酸多态性数据库和肿瘤体细胞变异数据库中报道的新的体细胞变异位点,分别定位于基因TLE1（p.E748V）和基因CSMD2（p.W229X）的编码区。结论:本研究我们发现Ph+慢性粒细胞性白血病患者的基因组不平衡改变复杂多样,拷贝数变异以染色体9q的部分丢失最为常见,常与不良预后有关,del（9q）所涵盖的ASS1基因缺失可作为潜在的抑癌因素在CML疾病的治疗和预后中起到重要作用。我们在伴有额外染色体异常的患者中筛选出了一个特异的高频体细胞变异,并只在该类患者中发现了2个尚未被肿瘤体细胞变异数据库和单核苷酸多态性数据库收录的新的体细胞变异位点,这三个分别定位于基因PHLDA1、TLE1和CSMD2的体细胞变异可能有助于CML发生额外染色体异常,在疾病的克隆演变中起到重要作用。我们所发现的遗传信息为伴有额外染色体畸变的CML患者的新的靶向药物研究提供了分子基础。
王泽洋[2]（2021）在《EBV相关性胃癌多维度表型特征识别及其关联蛋白GBP5的作用机制研究》文中进行了进一步梳理研究背景:胃癌（Gastric Cancer,GC）是全球范围内第五大高发肿瘤疾病,居肿瘤死亡原因第二位。胃癌病因包括遗传因素、理化因素及感染因素等。在感染因素中,幽门螺杆菌与胃癌有关已达成研究者共识。除此之外,近年来EB病毒（epstein barr virus,EBV）也已引起研究者高度重视。EBV是1964年Epstein和Barr从非洲儿童Burkitt’s淋巴瘤培养细胞中发现的病毒,属人类疱疹病毒4型,即γ-型疱疹病毒,特异性人类嗜淋巴细胞性病毒。目前已知,EBV感染与多种人类恶性肿瘤如Burkitt’s淋巴瘤、鼻咽癌、传染性单核细胞增多症、霍奇金病及非霍奇金淋巴瘤等密切相关。1993年,Tokunaga等通过原位杂交技术证实胃癌细胞内存在EBV编码的小RNA,将之定义为EBV相关性胃癌（EBV-associated gastric carcinoma,EBVaGC）。2014年癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）根据分子水平的差异将胃癌分为四种分子病理亚型,包括EB病毒感染型、基因组稳定型、染色体不稳定型及微卫星不稳定型。其中,EBVaGC以其区别于其他类型胃癌的多种特质引起了广泛关注。据统计,EBVaGC约占全世界胃癌发病率的10%,且在不同地域间存在差异（[6]）。全面认识EBVaGC对胃癌发生机制研究及临床诊治有重要指导意义。表型特征是生物体从宏观到微观（即分子组成）、从胚胎发育到出生、成长、衰老乃至死亡过程中,形态特征、功能、行为、分子组成规律等所有生物、物理和化学特征的集合。全景解析人类表型特征,建立宏观表型与微观表型间多维度关联,是解析生命科技的重要线索。目前,对EBVaGC分子表型及临床表型特征等已有所了解,比如,EBVaGC中显示出PIK3CA的反复突变、DNA甲基化以及JAK2,PD-L1和PDL2过表达扩增等。然而,EBVaGC的分子模式非常复杂,包含多种遗传学和表观遗传学变异、转录组学及蛋白组学变异等,对此,我们的认知还十分有限,尚需深入探索,EBVaGC主要临床表型特征及具体发病机制也需要进一步深入研究。全面阐释EBVaGC表型特征可提供潜在的新型胃癌治疗靶标和路线图,可为制定胃癌精准诊治策略提供参考。EBVaGC致癌原因与EB病毒感染有关。病原微生物感染的基因组学和蛋白质组学研究旨在找出在病原体感染和宿主防御整个过程中影响重要生物学活动的关键蛋白以及这些蛋白的功能机制。对重要微生物的基因组学和蛋白质组学差异的鉴定不仅有助于深入了解其发病机制,还可为相关疾病的治疗提供新靶点。然而对于EBV感染导致的胃癌,目前几乎所有基因和蛋白水平的研究均聚焦于单一因素或基于生物信息学数据库的大样本数据集,仍缺乏通过独立采集质谱技术检测蛋白质组学变化建立的对EBVaGC基因和蛋白表达谱的综合研究。血清学检测,作为一种方便、非侵入性和成本效益高的检测手段,在人群流行病学调查、疾病过程的动态监测和风险预测方面显示出显着的优势。到目前为止,EBV血清学检测已经广泛应用于Burkitt淋巴瘤,鼻咽癌,霍奇金或非霍奇金淋巴瘤,睾丸癌等疾病的风险预测及早期诊断。然而,很少有研究集中于EBV血清学与胃癌风险的关系。此外,目前尚不清楚EBV血清学检测是否具有GC预测和预后的潜能。综上,本研究试图从基因变异、蛋白表达、病理组织学形态、血清抗体表达等不同层面,多维度探讨EBVaGC表型特征并筛选鉴定EBVaGC关联蛋白。对于已鉴定出的EBVaGC关联蛋白,我们进一步探究了其在EBV相关性胃癌中的分子调控机制。本研究为进一步探讨EBVaGC关联蛋白的作用机制奠定基础。研究目的:1.明确EBVaGC的表型特征。2.EBVaGC关联蛋白的筛选鉴定。3.明确EBVaGC关联蛋白GBP5的作用机制。研究方法:第一部分:EBV相关性胃癌多维度表型特征识别（一）EBVaGC差异表达基因分析利用公共数据资源GEO数据库检索包含EBV相关性胃癌信息的基因表达谱芯片,确定GSE51575作为分析芯片。该芯片包含12例EBV-阳性和14例EBV阴性胃癌样本基因表达信息。采用GEO2R分析出该表达谱芯片的差异表达基因,|FC|>2.0,P<0.05为具有统计学意义。（二）EBVaGC差异表达蛋白筛选验证a)收集中国医科大学附属第一医院自2012年9月至2019年10月的胃癌手术患者癌组织共计132例。b)应用EBV编码RNA（EBER）原位杂交（ISH）技术对胃癌样本进行EBV原位检测。c)利用EBV阳性与阴性胃癌组织进行DIA-相对定量蛋白质组学分析,筛选具有差异表达水平的蛋白。（三）EBVaGC病理组织学特征分析1.收集中国医科大学附属第一医院自2012年9月至2019年10月的胃癌手术患者癌组织及其癌旁正常组织标本共计132例。通过患者病历收集性别、年龄、饮酒、吸烟、Lauren分型、浸润深度、癌周淋巴细胞浸润、脉管癌栓、淋巴结转移、周围神经侵犯、淋巴结外肿瘤种植等临床病理信息。2.通过原位杂交检测EBV原位感染情况,进行分析。（四）EBVaGC血清EBV抗体表达分析1.收集中国医科大学附属第一医院自2012年11月至2020年6月的胃癌手术患者以及庄河胃癌高发现场患者血样本,其中包括浅表性胃炎、萎缩性胃炎以及胃癌病例共计1790例。在患者病历中收集性别、年龄、饮酒、吸烟、Lauren分型、浸润深度、癌周淋巴细胞浸润、脉管癌栓、淋巴结转移、周围神经侵犯、节外种植等临床病理信息。本研究获得中国医科大学第一附属医院研究所医学伦理委员会的批准,所有受检者均提供书面知情同意书。2.利用血清定量检测不同EBV-VCA IgG抗体滴度,分析其表达水平与EBV相关性胃癌发病风险、预后及临床病理参数的相关性。第二部分:EBV相关性胃癌关联蛋白GBP5的作用机制研究（一）GBP5原位表达与胃癌发病风险、临床病理参数及预后关系利用免疫组化技术对255对胃癌组织以及癌旁正常对照组织进行免疫组化染色,分析其与胃癌之间的关系。（二）GBP5对不同EBV感染状态胃癌细胞活性的影响1.GBP5过表达和沉默质粒的构建:分别选取GV146和GV102为GBP5的过表达以及沉默质粒载体,并经过酶切确认。化学合成GBP5基因序列,用Kpn I/Bam HI酶切含有目的基因的质粒,将酶切产物连接入线性化表达载体,经PCR鉴定。2.根据文献报道,选取EBV阳性SNU719胃癌细胞系以及EBV阴性AGS胃癌细胞系,并经过Real-time PCR确认EBV的表达,进行后续实验。3.采用CCK-8进行细胞增殖效应的检测。（三）GBP5对不同EBV感染状态胃癌细胞免疫相关基因表达的影响1.EBVaGC差异表达免疫相关基因的确定本研究经查阅文献后共总结出47个免疫相关基因,进一步将GSE51575中差异表达基因与47个基因取交集后筛选出差异表达的免疫相关基因。P<0.05被认为具有统计学意义。2.确定EBVaGC与GBP5相关的免疫基因采用斯皮尔曼相关分析方法分析GBP5与EBVaGC差异表达相关的免疫相关基因的相关情况。|r|>0,P<0.05具有统计学意义。3.验证EBVaGC免疫相关基因差异表达本研究收集GBP5过表达和沉默的SNU719和AGS细胞系培养液上清进行酶联免疫吸附实验对预测的GBP5相关的免疫基因进行验证。利用SPSS Statistics 24和Graph Pad Prism 8进行统计分析。P<0.05为具有统计学意义。（四）GBP5表达调控网络分析1.EBV相关性胃癌中GBP5蛋白互作网络构建本研究利用STRING在线工具（v11.0,https://string-db.org）预测GBP5蛋白互作网络。将GSE51575中差异表达基因与预测出的GBP5互作蛋白取交集,筛选出差异表达的GBP5互作蛋白,P<0.05被认为具有统计学意义。2.EBVaGC中GBP5与互作蛋白间的关联分析本研究利用斯皮尔曼相关分析计算GSE51575数据集中GBP5与其差异表达互作蛋白间的相关性。|r|>0,P<0.05被认为具有统计学意义。3.EBVaGC中GBP5与互作蛋白的通路分析对GBP5及其具有显着相关性的互作蛋白进行GO（包括生物学过程、分子功能和细胞组成）和KEGG富集分析,P<0.05具有统计学意义。研究结果:第一部分:EBV相关性胃癌多维度表型特征识别1.EBVaGC关联基因表达特征（EBV+胃癌vs EBV-胃癌差异表达基因）对包含12例EBV-阳性和14例EBV阴性胃癌样本的基因表达谱芯片GSE51575进行差异分析,结果显示在EBVaGC中共有1088个基因上调,879个基因下调表达（|FC|>2.0,P<0.05）,其中排位前者包括CXCL17、GBP5、DMBT1、SLC6A8等。将EBVaGC表达的关联基因进行通路富集分析,结果表明统计学差异最显着的前10条通路均与机体免疫功能相关,例如抗原加工和呈递;辅助性T细胞1、辅助性T细胞2以及辅助性T细胞17分化、移植物抗宿主反应等。2.EBVaGC关联蛋白表达特征（EBV+胃癌vs EBV—胃癌差异表达蛋白）2.1基于EBV检测的金标准EBER-ISH,EBV感染细胞在遵照试剂盒说明书处理过后细胞核可以被显着棕染。结果显示132例胃癌样本中共有7例组织标本具有阳性EBER信号。2.2 EBVaGC的蛋白质组学研究采用上述7例EBV+胃癌样本及与之年龄性别临床病理参数匹配的7例EBV—胃癌样本进行DIA-相对定量蛋白质组学分析。结果显示与EBV-阴性胃癌组相比,在EBV-阳性胃癌组中共鉴定出137个差异表达蛋白。其中,GBP5、C5AR1、THRAP3、P3H3和MDK为47个上调蛋白中差异前五的蛋白。2.3本研究将GSE51575中差异表达的基因分别与鉴定出的差异表达蛋白取交集。结果发现共有25个基因在两组数据中均差异表达,其中GBP5在25个差异表达蛋白中差异表达倍数最高,其在EBV-阳性胃癌中相较EBV-阴性胃癌同样显着上调（P=1.19E-03,log2FC=3.21）,提示GBP5可能是一种与EBVaGC高度相关的蛋白。3.EBVaGC临床病理参数分析我们进一步对EBVaGC的组织病理学特征进行了分析。首先利用EBV原位杂交实验检测132例胃癌组织,结果显示7例具有阳性信号,EBVaGC检出率为5.3%。全部EBV+胃癌病例为中老年男性。其基本病理学特征为:全部病例为中晚期胃癌,多发于胃体部位（4/7,57.14%）;大体分型以溃疡/溃疡浸润型为主（6/7,85.71%）;组织学分型以中分化及低分化腺癌为主（6/7,85.71%）;绝大多数呈浸润性性生长（6/7,85.71%）;淋巴结转移多见（5/7,71.43%）;所有病例均存在癌周淋巴细胞浸润。免疫组化染色结果显示,Ki67指数较高,多伴有P53阳性表达（5/7,71.43%）以及EGFR与VEGF表达（4/7,57.14%）。EBV-阳性胃癌与EBV-阴性胃癌相比,临床病理参数未见显着差异（P>0.05）。4.EBV血清抗体表达与胃癌风险/预后的相关性在发病风险方面,分析1790例EBV-VCA IgG感染状态与不同胃疾病的组间比较发现,萎缩性胃炎组和胃癌组的EBV-VCA IgG阳性率均显着高于对照组（AG:40.0%vs.30.5%;GC:38.6%vs.30.5%）。经年龄和性别校正后,研究发现EBV-VCA IgG感染者罹患萎缩性胃炎和胃癌的风险分别提高到1.55倍和1.36倍（分别为P=0.001,95%CI=1.21-1.99;P=0.011,95%CI=1.07-1.72）。在胃癌预后方面,对临床病理资料齐全的234例胃癌患者进行了随访。结果发现,在肠型胃癌亚组,EBV-VCA IgG感染状态与总生存期有关,EBV-VCA IgG阳性者的预后较EBV-VCA IgG阴性者更差（Mean survival month:49.2 vs.61.3,P=0.009,HR=3.50,95%CI=1.37-8.94）。第二部分:EBV相关性胃癌关联蛋白GBP5的作用机制研究1.GBP5原位表达与胃癌病理参数/预后的相关性我们首先探讨了GBP5蛋白表达与胃癌组织病理学特征的关系,结果提示GBP5蛋白表达水平与浸润深度、脉管癌栓、淋巴结外肿瘤种植存在显着相关,在其他病理学参数的分组中未发现GBP5蛋白存在差异表达（P>0.05）。我们还分析了GBP5蛋白表达对胃癌预后的影响,单因素与多因素COX回归分析均未发现GBP5蛋白表达与胃癌预后具有相关性（P>0.05）。2.GBP5对不同EBV感染状态胃癌细胞活性的影响EBV+SNU719和EBV—AGS细胞系中转染GBP5过表达质粒和对照质粒以及沉默和沉默对照质粒,分别观察两组细胞在24h、48h、72h的细胞活性。结果发现SNU719细胞系中,GBP5过表达组72h时的细胞活性较阴性对照组升高（P=0.001）,GBP5沉默组细胞活性较沉默对照组降低（P<0.001）。3.GBP5对不同EBV感染状态胃癌细胞免疫相关基因表达的影响采用GSE51575芯片数据,利用GEO2R分析GBP5对不同EBV感染状态胃癌细胞免疫基因表达的影响,结果显示共有1088个基因上调,879个基因下调表达（|FC|>2.0,P<0.05）。进一步将47个免疫相关基因与GSE51575中差异表达基因取交集后发现23个基因在该芯片中存在差异表达,且均为上调表达,例如CXCL17等。4.GBP5表达与EBV相关性胃癌调控网络的关联分析本研究采用Sanger Box预测GBP5互作蛋白并确定其在EBVaGC中的差异表达情况,结果显示FCGR1B、TRIM22、GBP2、IRF1、OAS2和OASL可能为GBP5互作蛋白,且其在EBVaGC中均为上调表达,与GBP5存在显着的正相关关系。富集分析表明GBP5及其潜在的互作蛋白（OAS2、GBP2）可参与寡聚化核苷酸结合结构域样受体信号通路,提示EBVaGC中差异表达的GBP5、OAS2和GBP2可能通过影响此通路活性从而促进EBV相关性胃癌进展。研究结论:1.EBVaGC关联基因表达差异显着者有GBP5、CXCL17等,功能分析显示均与机体免疫功能相关。2.EBVaGC关联蛋白表达差异显着者有GBP5、C5AR1等,功能分析显示可能与乙醇降解Ⅱ类蛋白具有富集效应。3.EBV-阳性胃癌多见于中老年男性;胃体部位多发;溃疡/溃疡浸润型多见;中低分化腺癌多见,淋巴结转移多见。4.携带血清EBV-VCA IgG抗体者罹患胃癌发病风险升高;在肠型胃癌亚组中,EBV-VCA IgG阳性者的预后较EBV-VCA IgG阴性者更差。5.GBP5原位表达与胃癌不良临床病理参数正相关,尤其是与浸润深度、脉管癌栓以及结外肿瘤种植显着相关。6.GBP5可促进EBV阳性胃癌细胞增殖活性。7.在EBVaGC中,GBP5与23个免疫相关基因存在显着的相关性,其中CXCL17、IL-17、1L-8已经血清学表达实验证实。8.在EBVaGC中,GBP5表达调控通路生信分析结果提示,GBP5可与FCGR1B、TRIM22、GBP2、IRF1、OAS2、OASL互作。GBP5可能通过影响寡聚化域样受体信号通路活性从而促进肿瘤进展。
郭孟怡[3]（2020）在《多发性骨髓瘤患者FISH检测结果与临床特征及预后的临床分析》文中研究指明背景多发性骨髓瘤（MM）是血液系统第二常见的恶性肿瘤性疾病,常见于老年患者,发病率不断攀升,无法治愈。对患者进行精确的危险分层有助于识别高危患者并早期干预。半数以上的MM患者可检测到遗传学异常,与疾病进展和预后关系十分密切。目前提倡的新型药物使大部分患者受益,但是否可对抗遗传学高危因素对预后的不良影响尚无定论。目的探索影响初治多发性骨髓瘤患者预后的相关因素,拟为患者个体化治疗方案的选择提供依据。方法收集2016年2月2019年4月就诊于新乡医学院第一附属医院血液科初治MM患者41例。利用原位荧光杂交技术（Fluorescence in site hybridization,FISH）检测患者1q21扩增、13q14缺失、IGH重排、P53缺失。收集患者临床资料:年龄、性别、血常规、血生化、M蛋白、β2-微球蛋白、免疫球蛋白电泳、骨髓细胞学、影像学检查、治疗方案、疗效。采用SPSS 20.0进行数据分析,计数资料比较应用?2检验或Fisher确切概率法,生存曲线使用Kaplan-Meier法绘制,并运用Log-rank法检验生存率差异,多因素分析应用COX回归分析,P<0.05表示统计学有意义。结果1.41例MM患者中伴细胞遗传学异常者共70.73%（29/41）,1q21扩增、13q14缺失、P53缺失、IGH重排检出率分别为53.66%（22/41）、39.02%（16/41）、2.44%（1/41）、36.59%（15/41）,2种及以上基因异常者占48.78%（20/41）。2.13q14缺失阳性患者中女性较男性多,且血红蛋白水平较阴性者低;IGH重排阳性患者血红蛋白较阴性组低,矫正血清钙水平较阴性组高（P<0.05）;未发现1q21扩增与临床特征相关性。3.29例遗传学异常患者中,存在2个及以上遗传学异常患者有效率较仅1种基因异常患者低（35.00%vs.88.89%,P=0.014）。传统化疗组中,13q14缺失、1q21扩增阳性患者总有效率较阴性患者低（0.00%vs.85.71%,P=0.00;14.29%vs.83.33%,P=0.03）;硼替佐米组中,13q14缺失阳性者总有效率较阴性组低（40.00%vs.94.44%,P<0.05）,伴1q21扩增组总有效率与阴性者差异无统计学意义（P>0.05）。4.单因素分析结果显示白蛋白<35g/L、β2-MG≥3.5g/L、校正血清钙≥2.75mmol/L、肌酐≥177umol/l、血红蛋白<85g/L、13q14缺失、IGH重排、ISS分期Ⅲ期与短PFS相关,血红蛋白<85g/L、肌酐≥177umol/l、13q14缺失、IGH重排与短OS相关。5.多因素分析结果显示IGH重排为患者PFS、OS的独立危险因素,LDH≥245IU/L、13q14缺失、接受传统化疗的MM患者PFS缩短。结论1.细胞遗传学异常与MM患者临床特征及疗效相关,可在一定程度上反应患者的肿瘤负荷。2.伴1q21扩增、13q14缺失患者疗效略差,且遗传学异常种类越多患者疗效越差,含硼替佐米化疗方案可改善1q21扩增患者疗效。3.LDH、13q14缺失、IGH重排为MM患者PFS、OS影响因素。
魏彰悦,朱丽霞,叶琇锦[4]（2018）在《微阵列比较基因组杂交技术及其在成年人急性白血病中的研究进展》文中研究指明微阵列比较基因组杂交（a-CGH）技术在检测基因拷贝数异常（CNA）方面具有显着优势,在针对智力低下、多发性先天畸形等的产前遗传学诊断,以及胰腺肿瘤、宫颈癌、胃癌、肺癌等多种实体肿瘤的诊断中均有广泛应用,并且在成年人急性白血病（AL）中亦有着良好应用前景。笔者拟就a-CGH技术应用于急性淋巴细胞白血病（ALL）、急性髓细胞白血病（AML）及混合表型急性白血病（MPAL）的诊断、治疗、预后及耐药机制研究的进展进行综述,旨在为进一步认识AL的发生、发展过程,以及为更深入研究AL的基因靶向治疗提供新方向。
谷雅君[5]（2013）在《淋巴母细胞淋巴瘤组织中Bcl-2、Bcl-6和c-Myc蛋白表达与基因异常的相关性研究及预后分析》文中提出目的淋巴母细胞淋巴瘤是一类来源于不成熟前体淋巴细胞的罕见的非霍奇金淋巴瘤,其发病率约占所有非霍奇金淋巴瘤的2%,但恶性程度极高,尤其好发于儿童和青壮年。目前对淋巴母细胞淋巴瘤的研究并不清晰、透彻,尤其在分子遗传学机制方面尚需深入研究。淋巴母细胞淋巴瘤是否也具有典型的蛋白表达水平异常?是否具有规律性的分子遗传学特征?是否也具有指导临床治疗和判断预后价值的特征性遗传学改变?这些问题仍需进一步探究。中国人群淋巴母细胞淋巴瘤患者的相关蛋白表达和基因异常情况尚缺乏大宗例数的研究,尤其是淋巴瘤经典的bcl-2、bcl-6和c-myc表达情况在国内未见报道。因此本研究旨在检测Bcl-2、Bcl-6和c-Myc蛋白水平及基因异常情况,分析二者可能存在的关系,以及在淋巴母细胞淋巴瘤中的临床意义。方法收集1999年3月至2011年5月间天津医科大学附属肿瘤医院手术切除的淋巴母细胞淋巴瘤淋巴结组织标本,并按照严格的纳入标准,排除不符合要求的组织,最终有41例淋巴母细胞淋巴瘤标本入选本实验。将入选标本制作组织芯片,并使用免疫组化法检测41例淋巴结组织蜡块的蛋白表达,包括Bcl-2、Bcl-6、 c-Myc、TdT、CD1α、CD34、Ki-67、PAX-5、CD20、CD2、CD3、CD4和CD8。荧光原位杂交法检测bcl-2（18q21）、bcl-6（3q27）和c-myc（8q24）基因异常情况（包括基因易位、扩增和缺失）,分析蛋白表达与染色体异常之间的关系。对41例淋巴母细胞淋巴瘤患者进行随访,计算生存期并绘制Kaplan-Meier生存曲线,使用log-rank检验比较患者5年生存率的差异,寻找能够预测疾病预后的指标。结果在Bcl-2、Bcl-6和c-Myc三种蛋白中,c-Myc表达率最高,其次为Bcl-2和Bcl-6。c-Myc蛋白表达水平在5%-92%不等,中位数为42%,蛋白阳性32例（78.0%）。Bcl-2蛋白表达水平在3%-93%不等,中位数为38%,蛋白阳性21例（51.2%）。Bcl-6蛋白表达水平在2%-42%不等,中位数为8%,蛋白阳性3例（7.3%）。41例淋巴母细胞淋巴瘤淋巴结组织中,31例（75.6%）标本bcl-2、bcl-6和c-myc基因正常,10例（24.4%）标本的bcl-2、bcl-6或c-myc基因异常。bcl-2基因易位仅发生于2例淋巴母细胞淋巴瘤患者中,并且这2例标本均为bcl-6和c-myc基因扩增的18q21染色体易位。10例（24.4%）淋巴母细胞淋巴瘤组织标本中出现了至少1种染色体异常,其中以涉及c-myc基因异常为首。本研究中,荧光原位杂交分析未发现bcl-6（3q27）或c-myc（8q24）染色体易位。然而我们检测到bcl-2、bcl-6和c-myc的基因扩增和基因缺失。其中,3例（7.3%）标本为bcl-2基因扩增；2例（4.9%）为bcl-6扩增,6例（14.6%）为c-myc扩增；2例（4.9%）为bcl-2基因缺失,1例（2.4%）为bcl-6缺失,2例（4.9%）为c-myc缺失。本研究发现,淋巴母细胞淋巴瘤组织中出现了bcl-2、bcl-6和c-myc基因异常以及蛋白水平高表达,并且部分蛋白高表达的病例同时存在染色体异常,但是Bcl-2、Bcl-6和c-Myc的蛋白表达与基因异常之间无统计学相关性（p>0.05）。将上述蛋白表达与基因异常的结果与41例淋巴母细胞淋巴瘤患者的临床资料进行综合分析,进一步探讨其对患者预后的影响。单变量分析和log-rank检验显示,临床Ⅰ-Ⅱ期比Ⅲ-Ⅳ期患者生存期显着升高（p=0.022）；LDH<2×ULN患者比LDH≥2×ULN患者生存期显着升高（p=0.037）；Bcl-2蛋白阴性患者比阳性患者生存期显着升高（p=0.003）。分析结果表明临床分期Ⅲ-Ⅳ、LDH≥2×ULN和Bcl-2蛋白阳性均预示了患者预后较差,生存期缩短。其他候选因子则不能预测疾病预后,如年龄、性别、中枢神经系统侵犯、骨髓侵犯、Bcl-6蛋白、c-Myc蛋白、bcl-2基因、bcl-6基因和c-myc基因。根据患者预后危险因子（临床分期Ⅲ-Ⅳ、LDH≥2ULN和Bcl-2蛋白阳性）的数量,41例淋巴母细胞淋巴瘤患者被分为三组,即低危组、中危组和高危组,含有危险因子较多的组别其生存期相对较短,即高危组患者生存期短语中危组,低危组患者生存期最长（p<0.05）。结论淋巴母细胞淋巴瘤组织中可以检测到Bcl-2、Bcl-6和c-Myc蛋白的阳性表达以及相应染色体异常,但是蛋白表达与基因异常间无统计学相关性,提示了bcl-2、bcl-6和c-myc基因异常不是决定蛋白表达水平的唯一原因。淋巴母细胞淋巴瘤组织中是否存在其它基因结构改变导致的蛋白过度表达,仍需进一步探讨。临床分期Ⅲ-Ⅳ、LDH≥2ULN和Bcl-2蛋白阳性为预后危险因子,患者危险因子越多,疾病预后越差。
李钦璐[6]（2012）在《恶性淋巴瘤组织标本的细胞遗传学研究》文中提出【目的】建立淋巴瘤瘤体组织标本染色体培养体系，采用改良的染色体培养方法对疑为恶性淋巴瘤的34例活检组织标本进行染色体标本的制备及核型分析，总结淋巴瘤染色体常见的异常核型特征，探讨淋巴瘤染色体核型与组织学分型及临床特点、预后评估之间的关系。【方法】收集可疑为恶性淋巴瘤的组织标本共34例，组织标本均采用经胶原酶消化的方式制成单细胞悬液，随后投入短期培养，依次进行收获，制片和G显带，获得较好的中期分裂相，进行染色体核型分析和诊断。总结核型特征，并对病人的临床资料进行整理分析，得出核型与临床特点的关系。【结果】采用淋巴瘤瘤体组织标本进行染色体培养，异常核型检出率较高，常表现为高度复杂的染色体核型。34例可疑淋巴瘤的组织标本中，共有30例获得了满意的可供分析的中期分裂相。淋巴结良性病变8例，除1例核型异常外，其余7例均为正常二倍体核型。恶性淋巴瘤20例，病理类型均为非霍奇金淋巴瘤，包括B系淋巴瘤13例占65%（13/20），T系淋巴瘤7例占35%（7/20）。非霍奇金淋巴瘤异常核型共有17例，异常核型检出率为85%（17/20）。其中复杂核型占50%（10/20）。染色体众数以超二倍体最为常见，还包括亚二倍体、亚四倍体。染色体数目异常主要见于2，4，7，8，12，16，21号染色体，其中以-21和性染色体的丢失最为常见。染色体结构异常主要见于1p，6q，11q，14q，17q。共检出特征性的染色体易位t（11;14）（q13;q32），t（14;18）（q32;q21）共计3例，核型结果均与间期荧光原位杂交结果相符。【结论】本实验采用改良的染色体培养体系对淋巴瘤组织标本进行染色体培养，核型异常的检出率高。可观察到恶性淋巴瘤染色体具有明显的数目和结构的畸变。因此瘤组织是对恶性淋巴瘤疾病进行细胞和分子遗传学研究适宜材料。染色体核型的异常可以提示患者的预后，反映淋巴瘤的肿瘤生物学行为，揭示疾病的本质。可以根据染色体的特异性改变对淋巴瘤患者进行分层，指导淋巴瘤治疗。
张宏伟[7]（2011）在《弥漫性大B细胞淋巴瘤免疫分型、遗传学异常研究及其临床意义》文中进行了进一步梳理目的：（1）根据CD138、CD10、Bcl-6、MUM1的表达，以四种不同免疫分型方法将弥漫大B细胞淋巴瘤（diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL）分成不同亚型,研究不同分型方法在患者临床诊疗及预后评价中的意义，评价其对国内病例的适用性。（2）比较常规聚合酶链反应（Polymerase chain reaction, PCR）法、荧光原位杂交法（Fluorescence in situhybridization, FISH）在检测t（14;18）易位时的应用价值，探讨t（14;18）易位与不同蛋白表达、免疫分型、临床因素的关系。（3）研究MYC基因重排在中国人群DLBCL中的发生情况，评价其在弥漫大B细胞淋巴瘤治疗、预后评估中的意义及具有t（14;18）易位、MYC基因重排双阳性患者临床特征。方法：（1）收集2000-2007年山西省肿瘤医院病理科确诊为DLBCL的病例106例，随访所有患者。另取10例反应性滤泡增生（reactive follicle hyperplasia，RFH）病例，石蜡标本制作组织芯片。利用免疫组织化学EnVision法检测CD138、CD10、MUM1、Bcl-6、Bcl-2及Ki-67的表达情况。根据免疫标记结果，构建4种不同免疫分型方法。将肿瘤分为不同免疫学亚型，观察抗原表达、不同免疫学亚型与预后的相关性，探索更适合于中国人群的免疫学分型方法；（2）对106例DLBCL患者石蜡组织标本分别采用传统PCR及FISH法检测t（l4;18）易位，PCR法以看家基因β-Actin作为内对照检测DNA质量，根据Bcl-2基因两个主要断裂点MBR、mcr设计两对引物进行扩增;FISH法采用IGH/BCL2融合探针完成。（3）FISH技术对106例DLBCL石蜡组织切片中MYC基因重排进行检测，比较MYC基因重排和抗原表达、免疫学亚型及预后的相关性。（4）统计分析采用SPSS13.O软件进行。生存曲线分析采用Kaplan-Meier法,单因素生存曲线比较采用log-rank检验，预后多因素分析采用Cox比例风险模型，样本例数较少时采用Fisher精确概率法，计数资料采用χ2检验。总生存期（overallsurvival，OS）的计算从诊断确立到淋巴瘤引起的死亡,或随访的终止,与本病不相关的死亡算为截尾。无进展生存期（progression free survival，PFS）的计算从诊断确立到肿瘤复发、转移或病情恶化。结果：（l） DLBCL中CD138、MUM1、CD10及Bcl-6阳性率分别为15.1%、56.6%、21.7%、26.4%、73.6%。其中CD10和Bcl-6阳性者预后较好（OS, p=0.001和0.041）,而CD138阳性者预后较差（OS,p=0.003）。单因素分析，ECOG≥2分,血清LDH≥240IU/L,B症状, AnnⅢ～Ⅳ期，IPI≥3分，CD138阳性表达均与不良预后相关。多因素COX分析，方法1和方法4相对于OS,进行预后评估时相对危险度（relative risk，RR）分别为0.259、0.255；相对于PFS，RR值分别为0.248、0.244。在统计学上达到相对重要的水平，两种分型方法相对于OS、PFS预后评估时RR值接近。（2）PCR检测106例DLBCL石蜡组织标本t（l4;18）易位时，98例（92.5%）可检出GAPDH基因DNA存在，16例（15.1%）可检测出t（l4;18）易位。FISH操作中，106例标本中t（14;18）易位阳性者27例（25.5%），包括16例PCR检测阳性病例。79例FISH检测阴性组中，PCR法检测均为阴性。统计学分析示检测石蜡包埋组织t（14;18）易位时，FISH法明显优于PCR方法（p＜0.001）。根据Hans等免疫分型方法分为GCB型（26例）和non-GCB型（80例），t（14;18）易位在GCB型发生率显着高于non-GCB型（p<0.001）。23例CD10阳性组中有14例发生t（14,18）易位，83例CD10阴性组中有13例易位阳性，t（14,18）易位与CD10表达相关，（p<0.001）。t（14,18）易位与Bcl-6、MUM1、Bcl-2三者表达无关。生存分析示，t（14;18）易位阳性者预后差于阴性者。易位中位生存时间（相对于OS，18.5月；相对于PFS，11.0月），未发生易位者中位生存时间（相对于OS，40.0月；相对于PFS，35.3月）。（3）106例患者中MYC基因重排13例（12.3%），有7例存在t（14;18）易位，93例重排阴性的病例中，20例存在t（14;18）易位，MYC重排与t（14;18）易位相关（p=0.03）。生存分析示，MYC重排阳性者预后明显差于阴性者（OS,p=0.001；PFS,p＜0.001）,MYC重排阳性组中位生存时间（相对于OS=4.7月，相对于PFS=3.2月），阴性组中位生存时间（相对于OS=43月，相对于PFS=37.5月）。虽然MYC重排与t（14;18）易位双阳性患者病例数太少无法进行进一步统计学分析，但7例双易位患者中位OS＝4月，PFS=1.5月，均比单独MYC重排阳性组生存时间短。结论：（1）弥漫大B细胞淋巴瘤中，CD138表达与不良预后有关，CD10和Bcl-6阳性表达者预后相对较好。方法1和4预后意义相似，在预后分析中优于方法2和3，可以识别部分高危患者,在本组病人中更具有临床适用性。（2）FISH能检测到所有BCL2基因上的断裂点，与传统的标准PCR相比大大提高检测效率。Bcl-2蛋白表达受多种调控因素影响，Bcl-2蛋白表达与t（14;18）易位无关，另有其它调控机制存在。t（14;18）易位主要存在于GCB亚型中，与不良预后相关，有助于识别GCB型中预后较差的病例。（3）MYC基因重排与免疫学亚型无关，与t（14;18）易位相关，遗传学改变t（14;18）易位与MYC基因重排双阳性患者预后极差，以传统CHOP方案化疗，多数患者无法获得肿瘤缓解，以利妥昔单抗为代表的靶向治疗联合传统化疗或移植联合新的药物组成方案在内的治疗措施可能对这部分患者更适用。
段瑞[8]（2010）在《非特指型外周T细胞淋巴瘤染色体改变特点的研究》文中研究说明背景和目的非特指型外周T细胞淋巴瘤（PTCL-NOS）是一类起源于成熟T细胞的恶性肿瘤,是除去T/NK细胞淋巴瘤、淋巴母细胞淋巴瘤、间变大细胞淋巴瘤、血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤等特指型外周T细胞淋巴瘤外的一组T细胞肿瘤。该肿瘤在我国及其他亚洲国家发病率较高,占到成人非霍奇金淋巴瘤的近20%,其进展快、预后差,在临床表现、病理形态学、免疫表现和和遗传学特征等方面都具有明显的异质性。尽管近来对该肿瘤的生物学和遗传学特征有一些研究,但是其发生、发展的分子机制仍不清楚。本研究目的是了解非特指型外周T细胞淋巴瘤（PTCL-NOS）的分子遗传学改变特征,从而为揭示其发生、发展的分子机制、分型、诊断、治疗及预后评估提供科学依据。方法比较基因组杂交（comparative genomic hybridization, CGH）技术的基本原理是用不同的荧光染料（Cy3:蓝色;Cy5:红色）标记待测肿瘤的DNA和正常的基因组DNA,同正常人的中期染色体杂交,通过检测染色体上两种荧光信号的相对强度比率,了解待测组DNA拷贝数的改变,同时发现发生异常的染色体的位置。Array-CGH将基因组DNA转移到芯片上进行杂交,提高了检测灵敏度和精确性。本实验应用1Mb Array-CGH检测37例PTCL-NOS染色体改变,并使用Tile path array-CGH和荧光原位杂交技术（fluorescence in situ hybridization,FISH）验证其部分结果。根据克隆性分析结果、形态学特征和提取DNA质量,最终确定本研究对象。其具体步骤如下:1.收集解放军306医院、山西省肿瘤医院和上海长海医院病理科2001年10月-2008年12月存档的PTCL-NOS石蜡包埋组织标本47例,使用CD3抗体对5 m组织切片进行免疫组化染色,定性、定位肿瘤细胞,经手工显微切割法去除坏死组织等提高肿瘤细胞成分的比例;2. DNA提取:采用QIAamp DNA Mini Kit提取、纯化石蜡包埋组织的DNA,使用多重PCR（产物为100bp, 200bp, 300bp和400bpDNA片段）对DNA质量进行检测;3.克隆性检测:应用BIOMED-2多重PCR体系（美国InVivoScribe公司）,分析T细胞受体基因重排的克隆性;4.应用1Mb Array-CGH检测PTCL-NOS染色体改变;并经Tile path array-CGH验证1Mb Array-CGH的部分1、6、7、14号染色体改变;5.应用FISH对1Mb Array-CGH部分结果进行进一步验证,确定或排除一些不确定的结果,同时可以发现一些染色体拷贝数目改变。结果1.经免疫组化染色和显微切割技术筛选后,对47例PTCL-NOS石蜡包埋组织进行DNA提取;经多重PCR检测提取DNA片段大小,结果显示:400bp,17例;300bp,10例;200bp+,10例;200bp,8例;100bp,2例。克隆性分析结果显示,26例为单克隆性,10例为多克隆性,1例结果不明确。选取DNA片段200bp+以上的37例PTCL-NOS进行1Mb Array-CGH分析,结果显示18例出现不同的染色体异常,19例未发现染色体异常。其中6例无明显染色体异常且呈多克隆基因型的病例,进一步复查组织切片未见明确的肿瘤性淋巴组织。因此,最终用于该研究的共31例,其中21例男性和10例女性,中位年龄52岁（12～75岁）;11例发生在淋巴结,18例发生在结外组织,余2例部位不明;3例属于临床Ⅲ期,9例属于Ⅳ期,其余临床分期不清。25例获得临床随访资料,其中20例死亡,仅5例存活。2. 1Mb Array-CGH分析结果显示,31例中17例（55%）出现染色体异常改变,14例未发现染色体异常。频发性染色体获得（≥3例）的区域是:1p36.13-1p36.32, 1q21.1-1q23.3, 3p24.2-3p24.3, 3p13-3p14.3, 7q22.1, 7p22.1-7p22.,7q36.1-7q36.3,7q32.1-7q32.3,7q22.1-7q34,8q11.21-8q22.3,8q24.3,9p11.2-9q12,9q33.3-9q34.3和11p15.5,其中1p36.13-1p36.32,7q22.1,7q36.1-7q36.3,7q32.1-7q32.3,7q22.1-7q34,9p11.2-9q12和9q33.3-9q34.3是最常见的基因获得（≥4例）区域;频发性染色体缺失的（≥3例）区域是:1p21.2-1p12, 5q21.7-5q23.2, 6q24.2-6q25.3, 6q27,6q22.1,9p21.1-9p21.3,10q25.3-10q26.3,10p11.23-10q11.2,10q11.23-10q25.2,12p13.1-12p13.2, 2q24.11-12q24.3, 13q14.11-13q14.3, 13q21.3-13q22.2和13q13.3-13q14.3,其中1p12-1p21.1和13q14.11-13q14.3是最常见基因缺失的（≥4例）区域。另外,还发现1,3,4,5,7,8,9,11,14号染色体的多倍体和6,8,10,11,12,13号染色体的单倍体。3.上述数据经统计学方法（Kaplan-Meier检验、Pearson卡方检验及Cox回归分析）分析发现,1p36.13-1p36.32（包含基因APAJ1、FGR、TP73）的改变,10q、12p、13q的缺失与肿瘤预后密切关系,是引起预后不良的因素。4.高分辨率Tile path芯片CGH和FISH证实了一些上述重现性染色体片段的异常,也验证了1Mb芯片的结果的可靠性,并排除一些1Mb Array-CGH结果不确定的染色体改变。另外,FISH还发现7q34和14q11位点单拷贝数目的改变。结论1. CGH技术可以快速全面地分析肿瘤组织DNA拷贝数的变化,并在中期染色体上定位,是检测遗传不稳定性的好方法,对于淋巴瘤的分子遗传学研究具有重要意义。2.本次研究显示多数PTCL-NOS病例具有染色体异常改变,根据本次研究结果即染色体改变结合形态学、免疫组化染色,可以将PTCL-NOS分为高变组（染色体改变≥6个区域/例）和非高变组（染色体改变<6个区域/例）; 1p36（包含癌基因FGR和抑癌基因NBL1、TP73等）改变组和无1p36改变组; 1p12-21.1 （包含基因RBM15）缺失组和无1p12-21.1组。绝大多数具有染色体异常改变的PTCL-NOS病例组织形态学往往呈现明显异型性,可以作为该肿瘤分子分型的重要依据。3.随访结果也表明,本组PTCL-NOS研究病例的高变组与非高变组总生存时间有显着差异,前者短于后者;1p36.13-36.32改变组的总生存期短于无改变组,有10q、12p及13q的缺失组的总生存期分别短于无缺失组。1p12-21.1缺失组的总生存期有低于无1p12-21.1缺失组的趋势,但无统计学意义,考虑可能是由于病例数较少所致,希望在以后的研究中积累更多病例以证实这一趋势。上述染色体的改变是引起PTCL-NOS患者预后不良的因素,可作为预后评估的一项重要指标。4.另外,FISH证实Array-CGH结果的同时,也可以得出基因拷贝数目的变化,有利于寻找该肿瘤特异性染色体改变。这些都为揭示PTCL-NOS遗传学特征等特点提供了可靠的科学依据。
王璐[9]（2010）在《三种比较基因组杂交技术及其在肿瘤研究中的应用》文中研究说明比较基因组杂交技术作为一种新型细胞-分子遗传学技术,已成为近年广泛应用的重要技术,其主要应用于实体瘤领域的研究中。高分辨比较基因组杂交在传统的比较基因组杂交基础上提高了分辨率,具有耗费低、分辨率较高、诊断效率高等特点而具有较好的临床应用前景。而微阵列比较基因组杂交不仅使分辨率提高,甚至可以确定肿瘤相关基因并提供精确的定位,该技术在肿瘤的临床研究及临床应用上具有重要意义。本文则对上述方法及其在肿瘤研究中的应用作一综述。
岳志超,傅松滨[10]（2009）在《基因扩增与人类恶性肿瘤》文中提出基因扩增是细胞内染色体上特定基因拷贝数大量增加的现象,常见于生物发育、肿瘤发生及抗药性的形成过程。肿瘤发生的分子遗传学标志即为基因组不稳定,其中基因扩增作为基因组不稳定的主要形式在很多人类恶性肿瘤的发生发展中起着重要作用。肿瘤细胞中基因扩增是癌基因激活的主要机制,癌基因激活可使肿瘤细胞逃避生长抑制和产生耐药性。针对基因扩增的深入研究对肿瘤遗传学的发展及肿瘤的诊断、治疗有着重要的作用。本文就人类恶性肿瘤中基因扩增的组成成分、表现形式、扩增机制及研究手段进展作一简要综述。
二、比较基因组杂交技术在淋巴瘤遗传学研究中的应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、比较基因组杂交技术在淋巴瘤遗传学研究中的应用（论文提纲范文）
（1）伴有额外染色体异常的Ph+慢性粒细胞性白血病患者基因组改变的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略语 |
| 第一部分:aCGH检测Ph+慢性粒细胞白血病患者发生额外基因拷贝数变异的研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 主要试剂和仪器 |
| 2.1.1 主要试剂 |
| 2.1.2 主要仪器和设备 |
| 2.2 研究对象 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 染色体核型分析 |
| 2.3.2 荧光原位杂交 |
| 2.3.3 DNA提取 |
| 2.3.4 微阵列比较基因组杂交技术 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第二部分:全外显子组测序检测Ph+慢性粒细胞白血病患者发生额外染色体异常相关的分子遗传学改变 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 主要试剂和仪器 |
| 2.1.1 主要试剂 |
| 2.1.2 主要仪器设备 |
| 2.2 研究对象和分组 |
| 2.3 全外显子组测序 |
| 2.3.1 样本DNA的准备 |
| 2.3.2 文库制备 |
| 2.3.3 杂交及捕获 |
| 2.3.4 捕获后加标签,样本测序准备 |
| 2.3.5 全外显子组上机测序 |
| 2.4 生物信息学分析 |
| 2.4.1 原始序列数据 |
| 2.4.2 序列过滤统计 |
| 2.4.3 序列对比统计 |
| 2.4.4 质量控制 |
| 2.4.5 覆盖度统计 |
| 2.4.6 体细胞变异筛选 |
| 2.4.7 体细胞变异注释 |
| 2.5 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 患者的临床资料和常规细胞遗传学检测结果 |
| 3.2 全外显子组测序结果 |
| 3.2.1 序列过滤统计结果 |
| 3.2.2 序列比对统计结果 |
| 3.2.3 质量控制统计结果 |
| 3.2.4 覆盖度统计结果 |
| 3.2.5 体细胞变异的筛选和注释 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 本研究创新性的自我评价 |
| 参考文献 |
| 综述 基于二代测序的慢性粒细胞性白血病基因变异的研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（2）EBV相关性胃癌多维度表型特征识别及其关联蛋白GBP5的作用机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略语 |
| 第一部分:EBV相关性胃癌多维度表型特征识别 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 EBV相关性胃癌差异表达基因分析 |
| 2.2 EBV相关性胃癌差异表达蛋白筛选分析 |
| 2.2.1 样品准备 |
| 2.2.2 胃癌组织EBV原位杂交检测 |
| 2.2.3 EBVaGC定量蛋白质组学检测 |
| 2.2.4 蛋白组学数据分析 |
| 2.2.5 免疫组化检测蛋白表达 |
| 2.3 EBV相关性胃癌临床病理参数分析 |
| 2.4 胃癌及癌前疾病血清EBV抗体表达分析 |
| 2.4.1 血清EBV抗体的筛选 |
| 2.4.2 胃癌及癌前疾病血清EBV-VCA IgG抗体表达分析 |
| 2.5 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 EBV相关性胃癌关联基因表达特征 |
| 3.2 EBV相关性胃癌关联蛋白表达特征 |
| 3.2.1 EBVaGC研究对象的确定 |
| 3.2.2 EBVaGC蛋白质谱特征 |
| 3.2.3 EBVaGC中转录组和蛋白组交集蛋白的筛选验证 |
| 3.3 EBV相关性胃癌临床病理特征 |
| 3.4 血清EBV抗体表达与胃癌风险/预后的相关性 |
| 3.4.1 研究对象的基本信息 |
| 3.4.2 血清EBV-VCA IgG抗体人群分布特征 |
| 3.4.3 血清EBV-VCA IgG与胃癌及萎缩性胃炎发病风险的关系 |
| 3.4.4 血清 EBV-VCA IgG与血清 HP-IgG的关系 |
| 3.4.5 血清EBV-VCA IgG与胃癌临床病理参数的关系 |
| 3.4.6 血清EBV-VCA IgG与胃癌预后的关系 |
| 4 讨论 |
| 4.1 EBVaGC关联基因表达特征及功能分析 |
| 4.2 EBVaGC关联蛋白表达特征及功能分析 |
| 4.3 EBVaGC临床病理特征 |
| 4.4 血清EBV-VCA IgG抗体与胃癌发病风险与预后的关系 |
| 4.4.1 血清EBV-VCA IgG抗体人群分布特征 |
| 4.4.2 血清EBV-VCA IgG与胃癌及萎缩性胃炎发病风险的关系 |
| 4.4.3 血清 EBV-VCA IgG与血清 HP-IgG的关系 |
| 4.4.4 血清EBV-VCA IgG与胃癌临床病理参数及预后的关系 |
| 5 结论 |
| 第二部分:EBV相关性胃癌关联蛋白GBP5的作用机制研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料和设备 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 试剂 |
| 2.2 GBP5原位表达与胃癌风险/病理参数/预后的相关性研究 |
| 2.2.1 免疫组化检测 |
| 2.3 GBP5对不同EBV感染状态胃癌细胞生物学行为的影响研究 |
| 2.3.1 质粒构建 |
| 2.3.2 摇菌和质粒提取 |
| 2.3.3 细胞培养 |
| 2.3.4 瞬时转染 |
| 2.3.5 细胞总RNA提取及反转录cDNA |
| 2.3.6 实时荧光定量PCR(Real-time PCR) |
| 2.3.7 细胞增殖活性检测 |
| 2.4 GBP5对不同EBV感染状态胃癌细胞免疫相关基因表达的影响研究 |
| 2.4.1 EBVaGC关联免疫相关基因的确定 |
| 2.4.2 EBVaGC与GBP5表达相关的免疫基因的确定 |
| 2.4.3 验证EBVaGC免疫相关基因差异表达 |
| 2.5 GBP5表达与EBVaGC调控网络的关联分析 |
| 2.5.1 EBVaGC中GBP5蛋白互作网络构建 |
| 2.5.2 EBVaGC中GBP5与互作蛋白的关联分析 |
| 2.5.3 EBVaGC中GBP5与互作蛋白的通路分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 GBP5原位表达与胃癌病理参数/预后的相关性 |
| 3.2 GBP5对不同EBV感染状态胃癌细胞生物学行为的影响 |
| 3.2.1 GBP5在胃癌细胞中的过表达和沉默效率 |
| 3.2.2 GBP5表达对EBVaGC细胞增殖活性的影响 |
| 3.3 GBP5影响不同EBV感染状态胃癌细胞免疫相关基因的表达 |
| 3.3.1 确定EBVaGC中差异表达免疫相关基因 |
| 3.3.2 EBVaGC中GBP5与免疫相关基因表达的相关性 |
| 3.3.3 EBVaGC中GBP5与免疫相关基因相关性验证 |
| 3.4 GBP5表达与EBVaGC调控网络的关联分析 |
| 3.4.1 EBVaGC中GBP5蛋白互作网络 |
| 3.4.2 EBVaGC中GBP5与互作蛋白的关联 |
| 3.4.3 EBVaGC中GBP5与互作蛋白的富集分析 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 本研究创新性自我评价 |
| 参考文献 |
| 综述 EBV感染与肿瘤 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（3）多发性骨髓瘤患者FISH检测结果与临床特征及预后的临床分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 附录1 |
| 附件2 |
| 附录3 攻读学位期间发表文章情况 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（5）淋巴母细胞淋巴瘤组织中Bcl-2、Bcl-6和c-Myc蛋白表达与基因异常的相关性研究及预后分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 缩略语/符号说明 |
| 前言 |
| 研究现状、成果 |
| 研究目的、方法 |
| 一、组织芯片的制备 |
| 1.1 对象和方法 |
| 1.1.1 研究对象 |
| 1.1.2 治疗方案 |
| 1.1.3 仪器试剂 |
| 1.1.4 芯片构建 |
| 1.1.5 切片贮存 |
| 1.1.6 H&E染色 |
| 1.2 结果 |
| 1.2.1 临床资料 |
| 1.2.2 芯片构建 |
| 1.2.3 H&E染色 |
| 1.3 讨论 |
| 1.3.1 组织芯片的构建 |
| 1.3.2 组织芯片的分类 |
| 1.3.3 组织芯片的优与点缺点 |
| 1.3.4 数据处理 |
| 1.3.5 共享交流 |
| 1.4 小结 |
| 二、Bcl-2、Bcl-6和c-Myc蛋白表达及基因异常的关系 |
| 2.1 对象和方法 |
| 2.1.1 研究对象 |
| 2.1.2 仪器试剂 |
| 2.1.3 免疫组化 |
| 2.1.4 原位杂交 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 蛋白表达谱 |
| 2.2.2 基因异常情况 |
| 2.2.3 蛋白表达与基因异常的关系 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 组织芯片结合荧光原位杂交技术的体会 |
| 2.3.2 蛋白表达谱 |
| 2.3.3 基因异常情况 |
| 2.3.4 蛋白表达与基因异常的关系 |
| 2.4 小结 |
| 三、预后因子 |
| 3.1 对象和方法 |
| 3.1.1 研究对象 |
| 3.1.2 统计方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 总生存期与无进展生存期 |
| 3.2.2 临床资料与疾病预后 |
| 3.2.3 蛋白表达与疾病预后 |
| 3.2.4 基因异常与疾病预后 |
| 3.2.5 分组预后 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 预后因子 |
| 3.3.2 分组预后 |
| 3.4 小结 |
| 全文结论 |
| 论文创新点 |
| 参考文献 |
| 发表论文和参加科研情况说明 |
| 综述 淋巴母细胞淋巴瘤实验室检测及临床治疗新进展 |
| 综述参考文献 |
| 致谢 |
（6）恶性淋巴瘤组织标本的细胞遗传学研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（7）弥漫性大B细胞淋巴瘤免疫分型、遗传学异常研究及其临床意义（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 英文缩略语 |
| 引言 |
| 参考文献 |
| 第一部分：弥漫性大B 细胞淋巴瘤不同免疫分型方法与预后相关性的研究 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 1.临床特点 |
| 2.IHC 特点及其与临床因素、OS、PFS 的关系 |
| 3.不同免疫分型方法与预后相关性 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第二部分：弥漫性大B细胞淋巴瘤中t(l4;18)易位及其与免疫学亚型、预后相关性研究 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 1.临床资料 |
| 2.常规PCR法检测t(14;18)易位 |
| 3.FISH法检测t(14;18)易位 |
| 4.t(14;18)易位者与各临床因素及免疫标记的相关性 |
| 5.生存分析 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第三部分：弥漫性大B细胞淋巴瘤MYC 基因重排与免疫学亚型、临床诊断分期和预后相关性的研究 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 1.临床特点 |
| 2.MYC 基因重排与t(14;18)易位相关性 |
| 3.MYC 基因重排与各免疫标记物、免疫分型的相关性 |
| 4.生存分析 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 总结 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
| 致谢 |
（8）非特指型外周T细胞淋巴瘤染色体改变特点的研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 1. 临床病例收集 |
| 2. 免疫组化染色和显微切割 |
| 3. DNA 提取 |
| 4. DNA 质量的检测 |
| 5. 克隆性分析 |
| 6. 1Mb Array-CGH |
| 7. Tile path array-CGH |
| 8. 荧光原位杂交 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 文献综述 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
四、比较基因组杂交技术在淋巴瘤遗传学研究中的应用（论文参考文献）
- [1]伴有额外染色体异常的Ph+慢性粒细胞性白血病患者基因组改变的研究[D]. 刘梦. 中国医科大学, 2021(02)
- [2]EBV相关性胃癌多维度表型特征识别及其关联蛋白GBP5的作用机制研究[D]. 王泽洋. 中国医科大学, 2021(02)
- [3]多发性骨髓瘤患者FISH检测结果与临床特征及预后的临床分析[D]. 郭孟怡. 新乡医学院, 2020(12)
- [4]微阵列比较基因组杂交技术及其在成年人急性白血病中的研究进展[J]. 魏彰悦,朱丽霞,叶琇锦. 国际输血及血液学杂志, 2018(01)
- [5]淋巴母细胞淋巴瘤组织中Bcl-2、Bcl-6和c-Myc蛋白表达与基因异常的相关性研究及预后分析[D]. 谷雅君. 天津医科大学, 2013(01)
- [6]恶性淋巴瘤组织标本的细胞遗传学研究[D]. 李钦璐. 华中科技大学, 2012(08)
- [7]弥漫性大B细胞淋巴瘤免疫分型、遗传学异常研究及其临床意义[D]. 张宏伟. 山西医科大学, 2011(08)
- [8]非特指型外周T细胞淋巴瘤染色体改变特点的研究[D]. 段瑞. 中国人民解放军军事医学科学院, 2010(04)
- [9]三种比较基因组杂交技术及其在肿瘤研究中的应用[J]. 王璐. 国际遗传学杂志, 2010(01)
- [10]基因扩增与人类恶性肿瘤[J]. 岳志超,傅松滨. 国际遗传学杂志, 2009(04)
标签：淋巴瘤论文; 弥漫大b细胞淋巴瘤论文; 染色体结构变异论文; 肿瘤异质性论文; 基因变异论文;