一、大鲵野生亲代与人工繁育子二代的随机扩增多态DNA分析(英文)（论文文献综述）
雷宁,曾建刚,沈小明,叶金云,朱俊杰[1]（2021）在《不同生长环境下花■的形态特征比较》文中研究指明运用3种多元统计分析方法对采自太湖、钱塘江桐庐段的野生花■以及由太湖野生群体经人工繁育3代的花鳐骨这三个群体的30个形态参数进行了比较。结果显示,太湖群体和东林养殖群体的形态较为接近,而与桐庐群体的差异较大。利用主成分分析构建了3个主成分,其贡献率分别为主成分1 55.08%、主成分2 14.01%、主成分3 6.87%,它们的累积贡献率为75.97%。逐步判别选入3个贡献率较大的性状进行判别分析,通过建立的3个群体判别函数,其判别准确率P1为75%～100%,P2为77%～100%,综合判别率为86%,结果表明3个群体形态差异显着（P<0.01）。该研究为花■不同群体的鉴别积累了基础资料以及为花■的增殖放流、优良品种的培育和种质资源保护提供理论依据。
陈会娟[2]（2019）在《长江中游四大家鱼放流亲本对早期资源和遗传多样性的影响研究》文中研究表明青鱼、草鱼、鲢和鳙四大家鱼广泛分布于我国各大江河及附属水体,长江是其天然种质资源的重要产地。近年来监测表明,四大家鱼的资源量正处于衰退之中。为补充长江水系四大家鱼资源并修复水生生态系统,近十年来,长江沿江省市广泛持续开展了四大家鱼的人工增殖放流活动。大规模人工放流活动对资源增殖的效果如何?人工放流群体是否对天然群体遗传多样性产生不利影响。为科学地回答以上问题,解明人工增殖放流对长江天然种质资源的影响,本论文运用线粒体D-loop序列和核基因组DNA微卫星分子标记方法,分析了2015-2017年长江中游湖北省监利江段和石首江段放流亲本对四大家鱼早期资源的影响,放流群体后代与非放流群体后代之间的遗传差异,长江中游四大家鱼渔获物遗传多样性现状。以上结果为四大家鱼种质资源保护提供基础,为增殖放流生态风险防控积累数据,为制定科学合理的增殖放流计划和资源修复策略提供重要依据。主要研究内容及结果如下:1.青鱼和鳙微卫星多重PCR体系的建立及其群体遗传学应用。本文首次报道了由四核苷酸重复微卫星组成的多重荧光PCR体系在青鱼和鳙群体中的应用。其中青鱼选用11个四核苷酸重复微卫星标记来优化多重PCR体系,将11个位点分为2个4重反应体系和一个3重反应体系;鳙选用16个四核苷酸重复微卫星标记来优化多重PCR体系,将16个微卫星位点分为4个4重反应体系。2种鱼的多重体系均具有高等位基因变异性和高多态信息含量（PIC）。对来自2个全同胞家系的39个鳙子代及其亲本进行亲子分析,累积非亲排除率（CEP）高达99.99%,有100%的子代（39/39）被明确分配给他们的真实父母。另外,本结果验证了2种鱼的多重PCR体系均成功应用于野生群体的遗传特征分析。由于在养殖场未采集到具有亲子关系的青鱼亲本和子代样本,因此本研究中青鱼多重PCR体系仅应用于群体遗传学方面。2.长江中游四大家鱼放流亲本群体微卫星基因库的补充和构建。利用微卫星分子标记对2015-2017年（鳙为2012-2017年）长江中游四大家鱼增殖放流中的草鱼和鲢放流亲本群体微卫星基因库在原来基础上进行了补充,对青鱼和鳙放流亲本群体微卫星基因库进行了构建,并用于进一步分析其遗传多样性。结果显示,青鱼放流亲本群体的有效等位基因数（Ne）为2.939.95,基因丰度（Ar）为11.6216.92,期望杂合度（He）为0.8380.903,观测杂合度（Ho）为0.7650.900;草鱼放流亲本群体的Ne、Ar、He和Ho分别为9.5610.57、18.2719.45、0.8720.885和0.9530.999;鲢放流亲本群体的Ne、Ar、He和Ho分别为7.488.97、15.9217.62、0.8240.866和0.7940.901;鳙放流亲本群体的Ne、Ar、He和Ho分别为2.885.58、3.444.03、0.7250.816和0.6670.760。分子方差分析（AMOVA）结果显示,在整个遗传变异中,4种鱼均表现为群体内个体间的变异是总变异的主要来源,变异组成显示群体间的遗传变异水平低于群体内。青鱼各放流群体的FST为0.03138,草鱼各放流群体的FST为0.05675,鲢各放流群体的FST为0.01605,鳙各放流群体的FST为0.0152。结果显示,四种鱼类放流群体的遗传多样性均处于较高水平,除了草鱼群体外,其他三种鱼类所有放流群体整体上都没有遗传分化现象发生,表明四大家鱼的亲本群体是适合放流的群体。3.长江中游四大家鱼亲本增殖放流对早期资源量的贡献。利用实验室自主建立的4种多重荧光PCR体系对长江中游2015-2017（草鱼为2016-2017）年四大家鱼放流亲本群体和早期资源调查期间采到的仔鱼群体进行了亲子鉴定分析。结果显示,青鱼共采集到9尾仔鱼,未鉴定到与放流亲本具有亲子关系的仔鱼;草鱼共采集到1122尾仔鱼,其中检测到有61尾与放流亲本具有亲子关系,包括双亲均为放流亲本的仔鱼有7尾,放流亲本与非放流亲本交配产生的仔鱼有54尾;鲢共采集到1297尾仔鱼,其中检测到有144尾与放流亲本具有亲子关系,包括双亲均为放流亲本的仔鱼有27尾,放流亲本与非放流亲本交配产生的仔鱼有117尾;鳙共采集到8尾仔鱼,未鉴定到与放流亲本具有亲子关系的仔鱼。另外,鉴定结果显示,部分放流亲本在放流之后的年份也可以产生后代。放流草鱼亲本群体在2016年和2017年对长江中游监利江段早期资源仔鱼数量的当年贡献率分别为4.84%和4.4%,总贡献率分别为4.84%和7.46%;放流鲢亲本群体在2015-2017年对早期资源仔鱼数量的当年贡献率分别为3.74%、10.37%和7.51%,总贡献率分别为3.74%、18.88%和14%。4.长江中游草鱼和鲢亲本增殖放流对早期资源遗传多样性的影响。利用微卫星DNA标记对长江中游草鱼和鲢放流后代群体、杂交后代群体和非放流后代群体的遗传差异进行分析。选取了等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、基因丰度（Ar）、观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）5个指标来反应遗传多样性水平。鲢各后代群体间Ar、Ho和He均无显着性差异;由于样本量的影响导致放流后代群体与杂交后代群体的Na和Ne明显低于非放流后代群体。草鱼各后代群体间Ho和He均无显着性差异;放流后代群体的Ar值显着低于非放流后代群体,与杂交后代群体差异不显着;由于样本量的影响导致放流后代群体与杂交后代群体的Na和Ne明显低于非放流后代群体。草鱼和鲢放流后代群体和杂交后代群体内均未发现特有等位基因,非放流后代群体内均发现特有等位基因。特有等位基因的频率非常低,草鱼非放流后代群体内频率最高为0.036,鲢非放流后代群体内频率最高为0.083,均远小于0.5,仅靠特有等位基因并不能反映出遗传关系的差异。分子方差分析（AMOVA）、遗传分化指数(FST)和对群体第一主成分和第二主成分进行的判别分析（DAPC）结果显示,草鱼和鲢各自后代群体内均未发生遗传分化现象。5.长江中游四大家鱼渔获物群体遗传多样性现状的研究。2016年6月至2017年9月,四大家鱼群体样本采集于长江中游不同采样点渔获物。共采集样本368尾,其中青鱼81尾,草鱼95尾,鲢108尾,鳙84尾。利用线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop）序列对所采集样本进行遗传多样性分析。结果显示,青鱼控制区序列长927bp并定义了30个单倍型,各群体的单倍型多样性指数（Hd）为0.9310.978,核苷酸多样性指数（Pi）为0.013230.01459;经比对后草鱼控制区序列长934bp并定义了12个单倍型,各群体的Hd为0.3080.569,Pi为0.000900.00240;经比对后鲢控制区序列长890bp并定义了35个单倍型,各群体的Hd为0.8740.906,Pi为0.0007170.01081;经比对后鳙控制区序列长884bp并定义了22个单倍型,各群体的Hd为0.8890.942,Pi为0.004480.00479。分子方差分析（AMOVA）结果显示,在整个遗传变异中,4种鱼均表现为群体内个体间的变异是总变异的主要来源,变异组成显示群体间的遗传变异水平低于群体内。遗传分化指数(FST)分析和基因流（Nm）分析结果显示,4种鱼类遗传分化程度均较低(FST<0.05)。中性检验、错配分布（Mismatch distribution）分析及BSP（Bayesian skyline plot）分析表明青鱼、鲢和鳙历史上未发生种群扩张事件,草鱼群体在历史上经历过种群扩张事件。本研究结果显示,目前长江中游四大家鱼野生群体遗传现状与开展放流之前文献报道的研究结果无显着差异。综上所述,本研究建立了青鱼和鳙微卫星多重PCR体系并能较好的应用于它们的群体遗传学研究。补充完善了2015-2017年（鳙为2012-2017年）长江中游四大家鱼放流亲本群体的微卫星数据库并应用于群体遗传多样性分析,结果表明所有放流亲本群体整体上是适合放流的,但是对草鱼群体的管理需加强监测。亲子鉴定结果显示,长江中游草鱼和鲢放流的亲本群体能够在长江中正常产生后代,对早期资源仔鱼的数量有明确的贡献率,早期资源仔鱼中的放流亲本后代群体和非放流亲本后代群体在遗传多样性和遗传结构方面无显着性差异。基于线粒体D-loop序列分析结果表明,与开展放流活动前相比,长江四大家鱼多年的人工增殖放流并未对渔获物群体的遗传多样性及遗传结构造成显着性影响。
吴俣学[3]（2017）在《贵州大鲵种群遗传多样性研究》文中研究说明大鲵（Andrias dauidianus）,隶属两栖纲（Amphibian）有尾目（Caudata）隐鳃鲵科（Cryptobrachidae）大鲵属（Andrias）,为国家二级保护动物。由于高强度的捕捞,加之环境变化造成栖息环境破碎化,野生资源量锐减,形成大鲵濒危的局面。而不科学的人工繁养和增殖放流只会增加生态隐患,加剧大鲵遗传多样性的丧失,不利于大鲵的保护和管理。物种的遗传多样性与其适应能力、生存能力密切相关。本研究以贵州大鲵种群为研究对象,利用线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b（Cyt b）基因和D-loop序列,并结合形态学遗传特征,对中国大鲵进行遗传多样性研究,以期为大鲵的保护和发展提供科学依据。研究的主要结果如下:1、采用PCR扩增和DNA测序技术,获取了3个省份5个群体共82条中国大鲵的D-loop区的532 bp序列。通过分析发现,82条序列共同定义了7个单倍型,其中贵州群体6个单倍型,陕西城固群体3个单倍型,而湖南桑植群体仅1个单倍型;3个群体共享1个单倍型。再根据核苷酸多样性指数以及单倍型多样性指数得出的结果,贵州大鲵群体遗传多态性水平高于陕西城固、湖南桑植大鲵群体。但3个大鲵群体的总体遗传多态性水平都不高。2、对3个大鲵群体的遗传分化研究结果显示,3个地理群体间遗传分化显着,群体间基因流（Nm）值都小于1,说明地理隔离或生殖隔离等遗传漂变已阻碍了群体间基因交流,遗传分化严重。3个种群间分岐时间以贵州种群和湖南桑植种群分化时间最长远,陕西城固种群和湖南种群分化时间最近。贵州种群与陕西城固、湖南桑植个种群已经发生了遗传分化。但是贵州省内3个大鲵群体间的遗传分化程度低。3、测定了3个省份5个群体共66条大鲵的cyt b基因的798 bp序列,并Genbank中下载了不同群体的同源序列,共107条进行分析。结果显示,107条序列定义了10个单倍型,且所有群体共享一个单倍型;遗传距离和遗传分化指数均显示贵州大鲵与其他群体大鲵有一定的遗传分化。4、基于cyt b基因对大鲵亲缘关系分析发现,中国大鲵可以分为4个谱系,但是谱系分布与地理位置和流域分布相关性不大;贵州大鲵群与湖南和广西大鲵群体的亲缘关系体较近;在中国大鲵的谱系分化中,贵州大鲵群体作为桥梁连接了湖南与广西的大鲵群体,其进化作用和进化地位比较重要。5、对3个省份5个群体的大鲵身体可量性状的研究发现,全长、头体长、体宽、头宽是不同种群大鲵形态差异的主要身体性状;比较后发现,城固种群头部最圆;江口种群头部较修长;且大鲵体长越长头越圆。5个群体中城固地理群体的大鲵尾长占比最大,松桃地理群体的大鲵尾长占比最小;大鲵后肢均比前肢稍长。并区分了各种群大鲵的体色和斑纹特点。
吴俣学,谢巧雄,姚俊杰,崔巍,周红霞,李晓林[4]（2017）在《贵州省3个地理种群大鲵的遗传多样性及遗传结构》文中提出测定了贵州省贵定县、松桃县和江口县共36尾大鲵的mtDNA D-loop区部分序列,探究贵州省内不同地理种群大鲵的遗传多样性及遗传结构。结果显示,36个序列的碱基平均组成为T（33.8%）、C（22.2%）、A（30.0%）、G（14.0%）,其中T的含量最高,C的含量最低;A+T含量（63.8%）显着高于G+C含量（36.2%）。江口种群核苷酸多样性指数为0.00551,贵定种群及松桃种群的核苷酸多样性指数均为0。3个地理种群相比,江口种群大鲵遗传多样性水平较高。3个种群的平均遗传距离为0.00436,其中贵定种群与江口种群达到了种群的分化水平（P<0.01）。遗传结构分析结果表明,贵定种群先与松桃种群聚为一支,再与江口种群聚为一支。3个种群大鲵的整体遗传多样性水平低,遗传分化程度也低。
赵建[5]（2015）在《黄喉拟水龟种群分化与种质资源研究》文中研究表明黄喉拟水龟是在亚洲曾广泛分布的龟类动物,而目前处于濒危状态。由于其较高的食用、药用和观赏价值,黄喉拟水龟养殖业发展迅速。然而对其种质资源的研究薄弱,其主要种群的遗传多样性和遗传结构不清晰,且其与近缘种安南龟的分类关系一直未能很好的解决。本研究针对黄喉拟水龟种质资源研究中的主要问题,从形态、微卫星标记、线粒体和核基因的不同水平上对黄喉拟水龟遗传资源进行评估,并安南龟与黄喉拟水龟各种群的遗传关系进行了探讨。1.黄喉拟水龟不同种群的形态变异分析本研究收集黄喉拟水龟4个不同种群的初孵稚龟,在相同环境下养殖至300g左右,进行几何形态分析。发现北方种群与台湾种群相近,南方种群与海南种群相近,而南方龟与北方龟存在较大的差异。台湾种群与北方种群也存在微弱的差异,并可通过主成分分析和判别分析区分开,说明台湾种群与北方种群也存在一定的地理隔离,从而形成了独有的种质特征。南方种群与海南种群差异较小,多数指标均不能明确分开。本研究还发现背甲和腹甲的变异程度是不同的,背甲对不同种群的辨别能力更强,而腹甲则较弱。2.黄喉拟水龟不同种群的微卫星变异分析利用微卫星分子标记对黄喉拟水龟4个主要种群的遗传多样性和遗传结构进行分析。黄喉拟水龟4个种群的期望杂合度为0.7260到0.7862,遗传多样性丰富,其较高的遗传多样性为黄喉拟水龟的选育提供了丰富的种质资源。4个群体间存在显着的遗传分化。其中南方群体和海南群体关系最近,遗传距离仅0.352,且在散点图上有一定重叠,而与北方种群和台湾种群距离较远,北方种群和台湾种群虽然关系较近,但能够完全分开,说明遗传分化较大。进化树表明南方种群和海南种群形成一支,而北方种群和台湾种群形成另一支,与地理分布一致。3.利用线粒体和核基因探讨黄喉拟水龟不同种群与安南龟的进化关系测定黄喉拟水龟4个种群和安南龟的3个线粒体基因序列和2个核基因序列,并进行进化分析。发现线粒体基因的进化速率较快,而核基因进化速度则慢的多,证明线粒体基因组是独立于核基因组之外独自进化的,而龟类线粒体的进化速率慢于其他脊椎动物。黄喉拟水龟的DNA条形码基因COI序列种群间的遗传差异为5.3-6.7%,安南龟与黄喉拟水龟南方种群和海南种群差异小,说明安南龟与黄喉拟水龟南方种群属同一母系来源。海南种群与南方种群未发现明显进化分支,为同一类群,但北方种群与台湾种群存在较明显分化,两个种群形成各自一支,说明台湾种群与大陆的北方种群隔离时间较长。这与其形态和个体大小方面的差异是一致的。在进行物种保护时应予以特别关注,台湾种群应作为单独的保护单元开展保护。基于核基因R35和RAG1研究安南龟与黄喉拟水龟的遗传关系,得出不同的结果,其中R35基因与线粒体分析结果相反,而RAG1基因则支持线粒体基因的分析结果,这说明使用单一基因对进化关系的界定有其局限性。核基因组相对线粒体基因组大得多,所以需要对核基因进行更多的研究,才能得出相对准确的结果。4.黄喉拟水龟各种群及安南龟的线粒体全序列测定及多态性分析测定了黄喉拟水龟北方种群、台湾种群、南方种群及安南龟的线粒体全序列。全序列最短为南方种群16494bp,最长为北方种群16758bp,与其他龟鳖类差别不大。在t RNALeu与16Sr RNA基因间存在35-36bp的间隔,t RNACys和t RNAAsn间也存在26-27bp间隔,其他基因间也有-10-12bp不等的间隔或重叠。编码蛋白质的基因中COI基因的起始密码子为GTG,其他蛋白都以ATG为起始密码子,结束密码子为TAA,而ND1、COI、COX、ND3四个基因以T为结束密码子。黄喉拟水龟北方种群线粒体DNA序列D-Loop区存在一个长串联重复区（Variable Number of Tandem Repeats,VNTR）微卫星序列,重复序列为（TTATTATA）30,中间被一个（TTATA）和（TTAAG）隔开。而南方种群、台湾种群及安南龟却仅有3-7次重复,说明黄喉拟水龟和安南龟线粒体中的微卫星变异非常大,具有明显的个体差异,可作为黄喉拟水龟的分子标记。通过进化树构建,黄喉拟水龟北方种群与台湾种群关系最近,而南方种群与安南龟关系更近,与前期研究一致。然而通过K2P距离来看,安南龟与南方种群的距离与南方种群与北方种群的距离差别不大,均为0.35左右。这说明南方种群和安南龟的线粒体DNA也有一定的分化,只是以往研究中分析的片断未能表现出来。这也进一步说明线粒体不同区域的进化速率存在较大差异,目前所采用的COI、12S、Cytb及ND4序列相对保守,其变异率相对较低。而使用线粒体全序列能够检测到较近的分化事件。5.利用简化基因组测序分析黄喉拟水龟各种群与安南龟的关系本研究利用RADSeq技术对黄喉拟水龟4个地理种群和1个安南龟种群进行测序,经过拼接,获得5.5M bp共同序列,占基因组约0.25%,其中多态位点243292个,简约信息位点63211个。黄喉拟水龟4个种群中,海南和南方种群的独有的SNP位点较少,而北方种群和台湾种群相对较多,这与其线粒体DNA中碱基多样性相反,说明线粒体的多样性与核基因的多样性信息并不一致,南方种群和海南种群的建群群体中母龟个体来源单一。安南龟群体中独有的SNP和插入/缺失位点明显多于黄喉拟水龟各群体,超出约1倍,这说明安南龟种群的变异度明显高于黄喉拟水龟各种群。利用共有序列构建ML、MP和NJ进化树,表明安南龟与海南种群黄喉拟水龟的关系较近,支持线粒体及部分核基因的结果。而基于少数基因的结果不一致可能是因为不同基因在进化中的进化模式不同,出现趋同进化或趋异进化,从而出现互相矛盾的结果。RADSeq测序所产生的SNPs标记在基因组中分布均匀,数量庞大,是构建遗传进化树的理想数据来源。本研究从中鉴定出大量SNP、插入/缺失位点和微卫星标记,对于了解黄喉拟水龟的种群遗传具有较高的参考价值。6.黄喉拟水龟脑-性腺的转录组分析研究本研究首次完成黄喉拟水龟脑-性腺的转录组测序,从中鉴定了大量功能基因、分子标记,特别是与与繁殖活动包括性腺发育、生殖细胞分化、成熟、排卵、交配等相关的基因共598个,从中鉴定出SNP标记7007个,插入/缺失位点980个,微卫星位点153个,这些基因和分子标记为黄喉拟水龟种质资源发掘和高繁殖力品系选育奠定了基础。通过对黄喉拟水龟雌雄性成熟个体脑-性腺组织转录组的测序,发现雌性差异表达基因1439个,其中雄性高表达基因549个基因,雌性高表达基因890个,表达差异基因包括细胞周期、卵细胞减数分裂、DNA以及细胞结合分子、细胞外基质受体相互作用和焦点粘连等相关基因。这些基因对研究黄喉拟水龟雌雄分化的机制提供了资料。
李锋刚[6]（2014）在《基于转录组数据的大鲵免疫功能基因的发掘及EST-SSR的筛选》文中提出大鲵（Andrias davidianus），是现存最大的有尾两栖类动物，同时也是我国独有的珍惜保护动物，具有很高的经济价值。由于上世纪末人为大量捕杀和生存环境的恶化，野生大鲵数量锐减。近年来，由于人工养殖技术和繁殖技术不断地提高，养殖规模的不断扩大，大鲵养殖群体数量得到了快速的恢复，但是野生种群依然没有得到有效的恢复。加之由于公共数据库中缺乏大鲵的遗传信息和基因序列，使得有关大鲵的免疫抗病机制和遗传背景的研究难以深入，因而很难从根本上解决大鲵人工养殖过程中的疾病防治和大鲵野生资源保护所面临的问题。本研究利用Illumina paired-end技术对大鲵皮肤和脾脏进行转录组测序分析。并在此基础上利用所获得的转录组数据对大鲵皮肤和脾脏进行组织差异表达分析，筛选获得皮肤和脾脏特异表达的免疫基因，并采用实时定量PCR对部分特异表达免疫基因进行了表达模式分析，同时筛选一批新的EST-SSR位点，取得如下结果：1.通过测序，从大鲵皮肤和脾脏分别获得20,698,732和20,587,272转录组测序原始数据，总长度分别为4,180,811,139bp和4,158,044,544bp。经过组装，皮肤获得57,654个unigenes,平均长度666.1bp，脾脏获得64,807个unigenes，平均长度787.9bp。大鲵皮肤和脾脏共得87,297个unigenes，其中长度在1kb以上的Unigenes有16,599个，在全部87,297个unigenes中有38,916个为已知基因，其中12,774个已知基因被富集到KEGG数据库中的243个pathway上，995个被富集到16个免疫系统调控通路上。2.通过对大鲵皮肤和脾脏转录组数据库分析，从大鲵皮肤中鉴定出696个免疫相关基因，从大鲵脾脏中鉴定出770个免疫相关基因，在大鲵皮肤和脾脏中有表达差异的免疫相关基因524个，其中225个在皮肤中特异表达，299个在脾脏中特异性表达。经鉴定，半乳糖凝集素-3（galectin-3）和β-防御素（β-defensin）等是皮肤中主要免疫相关基因，而淋巴毒素β（Lymphotoxin-beta,）和免疫球蛋白轻链第三亚型（immunoglobulin lightchain type III）等是脾脏的主要免疫相关基因。3.实时定量PCR结果显示：cyststin A, cystatin B, β-defensin, galectin-3等4个皮肤主要免疫相关基因，在皮肤中的表达量最高，显着高于其他组织；Lymphotoxin-beta,SLC40A1, Ig lambda chain V-I region BL2, CD5L等4个脾脏主要免疫相关基因则在脾脏中表达最高，显着高于其他组织。不同年龄大鲵实时定量PCR分析表明，大鲵皮肤和脾脏主要免疫基因在1龄、2龄和3龄大鲵中的表达无显着差异，表明大鲵皮肤和脾脏免疫系统在1龄时已基本发育完善。4.原位杂交结果显示，galectin-3基因在大鲵皮肤表皮的各层细胞的胞质和细胞核中均有阳性信号，以胞质为主。真皮层中的粘液腺细胞和颗粒腺的上皮细胞中出现较弱的杂交阳性信号。SLC40A1基因在大鲵脾脏红髓中的杂交信号较白髓中明显，阳性信号出现在红髓中的B细胞中，被膜上也出现了阳性信号。5.经过筛选，从16,599unigenes中获得了7,961个EST-SSR位点，占所筛选unigenes的33.06%。在所获得的EST-SSR位点中，单碱基重复类型所占比例最大，其次是二碱基重复个位点、三碱基重复和四碱基重复，五碱基重复类型最少，六碱基重复类型的没有筛选到。本研究结果表明：大鲵皮肤和脾脏在大鲵免疫防御中起重要作用，但是参与此过程的关键免疫因子存在差异，进而揭示皮肤和脾脏的免疫防御机制存在差异；为了能够更好的适应生存环境，大鲵在免疫防御系统在1龄之前已经基本发育完善；利用转录本数据库能够快速获得大批量EST-SSR位点，这些位点为今后研究大鲵群体的遗传特征和群体结构，构建高密度大鲵遗传连锁图谱，重要免疫抗病相关性状的QTL定位和进行分子标记选择育种奠定基础。
潘婷[7]（2014）在《钝吻黄盖鲽微卫星位点的开发及群体遗传多样性分析》文中研究指明利用Roche454GS FLX高通量测序技术，进行钝吻黄盖鲽微卫星位点筛选，获得了51486条高质量序列，利用MISA进行SSR位点的搜索，共得到5641个微卫星位点。采用聚类分析的方法对得到的5641个微卫星位点进行类比分析，得到247种多态性位点，其中完美型占52.22%，非完美型占20.24%，复合型占27.54%，（AC）n、（AG）n两碱基重复类型的比例是44%，重复次数在10次以上的占总数的87.5%。随机选取11个位点的微卫星引物，采用5个野生个体，利用荧光标记和毛细管电泳进行多样性评价，4个位点偏离Hardy-Weinberg，不同位点得到的等位基因范围为38，平均等位基因数目为5。平均观望杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）以及平均多态性信息含量（PIC）分别是0.5882、0.7882和0.67。本研究结果不仅表明454GS FLX提供了一种直观、高效开发微卫星的方法，同时开发的微卫星位点将为钝吻黄盖鲽种群多样性研究、家系识别和种质鉴定提供有效的工具。利用17对微卫星荧光引物（FAM, HEX, or TAM）分析了来自北朝鲜近海钝吻黄盖鲽野生群体和烟台养殖群体的遗传多样性。17个微卫星位点共得到221等位基因，平均PIC （polymorphic information content）（>0.5）表明17个微卫星的位点具有较高的多态性，能够有效的作为遗传结构的的分析。各个位点的等位基因数介于3-12之间，野生群体和养殖群体平均等位基因分别是5和8，两个群体的平均期望杂合度（He）分别是0.8118和0.77、平均观测杂合度（Ho）是0.6824和0.6263。野生群体PIC值的范围为0.530to0.8230，养殖群体PIC值的范围为0.375to0.8392。只有野生群体的一个微卫星位点（PTH8）处于HEW状态，其他所有的位点y由于杂合子过剩而偏离了HEW。两个群体间的平均Nei’s Fst值,遗传相似性和遗传距离分别是0.1276,0.1637和1.8095在S.M.M.模式下，养殖群体出现了遗传瓶颈（bottleneck）（P<0.05），但是在I.A.M.模式下，两个群体都未出现遗传瓶颈。所有的结果表明两个群体的遗传多样性基本处于相同水平，两个群体之间存在遗传分化。根据近缘种引物通用的特点，筛选近缘物种的通用微卫星分子引物是目前大量开发微卫星标记的重要方法，具有方法简便、花费低廉等优点。本研究将454GSFLX开发的钝吻黄盖鲽的17个微卫星引物用于其他10种物种进行PCR扩增，9个微卫星引物在所有物种成功扩增，PTH7位点只能在其他三种物种中通用，油鲽只得到12个通用微卫星引物。利用筛选的9个通用微卫星引物对斯氏美首鲽、高眼鲽和钝吻黄盖鲽三个群体的遗传多样性进行分析，45个个体中每个位点的等位基因范围为3-16，期望杂合度（He）在斯氏美首鲽、高眼鲽和钝吻黄盖鲽野生群体的范围分别是0.3648-0.8、0.5391-0.8897和0.6444-0.9778，观测杂合度在斯氏美首鲽、高眼鲽和钝吻黄盖鲽野生群体的范围分别是0.3077-1、0.55-1和0.2-1，PIC值在斯氏美首鲽、高眼鲽和钝吻黄盖鲽三个野生群体的范围分别是0.3361-0.7362、0.4121-0.8545和0.535-0.868.三个扩种种群间的Fst值范围是0.1190-0.2368，遗传相似性范围是0.0523-0.7834、遗传距离范围是0.2442-2.6909.结果表明扩种引物筛选筛选微卫星引物是一种可行的的方法。
郭文韬[8]（2013）在《大鲵遗传多样性及皮肤附属物特性研究》文中研究指明大鲵作为中国特有濒临灭绝的二级保护动物,国家已经建立16个专业大鲵保护区及一些自然保护区（大鲵列为保护名录）,对大鲵的适生环境和人工繁殖技术开展研究,逐步建立起大鲵人工繁育体系,有效地保护该物种。目前大鲵保护存在一些不足：（1）大鲵种质资源混乱,近亲繁殖,导致大鲵种质的退化,不利于物种的长期生存,有必要对人工养殖大鲵的亲本进行遗传多样性及亲缘关系分析,辨别其混乱的亲本,提供合理的保护策略。（2）缺乏可持续保护方法,大鲵皮肤附属物分泌物和蜕皮是大鲵自然生理特征,可以多次产生,属于可以利用的可再生物质,对这部分加以研究,利用好这部分物质,更适合大鲵资源的长远保护。本课题以大鲵皮肤附属物分泌物和蜕皮为研究对象,建立了非伤害取样技术提取基因组DNA,筛选SSR标记位点,分析了大鲵亲本的遗传多样性和亲缘关系,为制定大鲵长远保护策略提供依据。对其组成及理化性质进行分析,并结合动物模型评价其具体功效,为充分合理利用大鲵皮肤附属物提供支持：（1）大鲵亲本的遗传多样性分析：建立了非损伤大鲵样本组织替代技术,从大鲵分泌物和蜕皮中提取大鲵基因组DNA。通过扩增线粒体12S序列证实该方法获得的DNA可以用于遗传结构分析。从这种组织样本获得的基因组DNA扩增出34个微卫星序列,其中10个微卫星序列具有良好的多态性,用于大鲵资源遗传多样性分析。张家界大鲵核心保护区人工养殖大鲵亲本具有丰富的遗传多样性,聚类分析属于4个种群。（2）分泌物的理化性质及活性分析：为高度含水的凝胶样物质,主要成分为蛋白质。仅溶于5%（V/V）醋酸溶液和蛋白酶溶液,具有很强的粘性,其平均分子量为3.61×106。分泌物可溶组分含有蛋白水解酶活性和磷脂酶A2活性。没有明显抗菌活性,仅在早期有微弱抑制微生物生长的活性。具有抗氧化特性,对DPPH和ABTS清除效果显着,在0.6mg/ml其清除活性达到了90.83%和93.12%,热变性制备的多肽在0.05mg/ml对ABTS的清除活性达到了70.90%。（3）大鲵分泌物的毒性及抗肿瘤活性：大鲵皮肤分泌物可溶组分对小鼠有致死活性,LD50（腹腔）值为32.95mg/kg,其活性组分为热不稳定蛋白质。解剖死亡个体发现肺部组织发生明显变化,有充血现象,抽搐可能会导致小鼠死亡。大鲵分泌物对小鼠产生一些局部影响,可诱导小鼠显着的疼痛活动,促进血管通透性增加,导致持续性肿胀,没有引起明显的出血活性,可使肌肉组织肿胀坏死。体内抑制腹水瘤细胞的生长,减少腹水瘤细胞的数量,延长存活期,分泌物水溶物能明显改善小鼠血液指标,对肝脏结构没有带来明显损伤。体外对肿瘤细胞和正常细胞均有抑制生长活性,其抑制活性对不同的细胞存在差异,抑制活性机制不是促使肿瘤细胞的凋亡。（4）大鲵蜕皮的组成及治疗烧烫伤的活性：大鲵蜕皮含有丰富的氨基酸、矿物元素和8种脂肪酸。大鲵蜕皮大剂量软膏可明显提高创面愈合率,缩短创面愈合时间,加速创面愈合,抑制促炎因子活性可能是发挥作用的机制之一。
程长洪[9]（2011）在《暗纹东方鲀种群遗传多样性研究》文中认为暗纹东方纯（Takifugu obscurus）俗称河纯,属硬骨鱼纲（Osteichthyes）鲀形目（Tetraodontiformes）（?）屯科（Tetraodontidae）东方纯属（Fugu）,是一种重要的洄游性鱼类。因其肉质细嫩,肉味腴美,营养丰富,享有“长江三鲜之一”的美誉。暗纹东方鲀是长江中一种具有重要经济价值的渔业资源,近年来,由于水环境污染和过度捕捞等原因,暗纹东方纯资源急剧下降,目前已不能形成渔汛,这必然会给暗纹东方纯种质资源产生不利的影响。本文采用了微卫星和序列相关扩增多态性两种分子标记,研究了1个暗纹东方纯长江捕捞群体、1个放流群体和2个养殖群体的遗传多样性状况及其遗传结构。论文主要研究结果如下：1.研究了红鳍东方纯微卫星标记对暗纹东方纯的适用性。利用16对红鳍东方鲀微卫星引物对暗纹东方鲀基因组DNA进行PCR扩增,并优化PCR条件,结果表明10对微卫星引物（占总数62.5%）能扩增出特异性条带,且都表现出多态性,可用于暗纹东方纯群体遗传多样性分析。2选用10对暗纹东方纯和10对经筛选的红鳍东方鲀微卫星引物,对4个暗纹东方纯群体（1个长江捕捞江群体,1个放流群体和2个养殖群体）进行了遗传多样性分析。结果显示,20对微卫星引物在4个群体中共扩增得到113个等位基因,等位基因数在2-10之间,平均每个位点得到5.65个等位基因。各个群体的平均等位基因数（A）为4.95-5.50,平均观测杂合度（Ho）为0.6867-0.7617、平均期望杂合度（He）为0.6530-0.7000、平均多态信息含（PIC）0.6013-0.6384。群体间遗传分化系数（Fst）为0.0406,基因流（Nm）值为5.9056,表明4个群体遗传分化程度微弱,存在一定程度的基因交流。4个群体间的遗传距离为0.0880-0.1519,采用UPGMA法对4个群体进行聚类分析,结果表明上海养殖群体单独聚为一类,其余3个群体聚为另一类。3.利用正交设计L16（45）对影响暗纹东方纯SRAP-PCR反应的5个因素（Mg2+、Taq酶、dNTPs、模板DNA、引物）在4个水平上进行正交组合,确立了暗纹东方鲀SRAP反应最佳体系：20μL的PCR体系中含有Mg2+1.5mmol/L、Taq酶0.5U、模板DNA75ng、dNTPs0.15mmol/L、引物0.2μmol/L。利用30个暗纹东方鲀样本对该体系进行验证,结果表明该体系稳定可靠。4.利用上述反应体系,从49对引物组合中筛选出18对扩增条带清晰、稳定的引物组合首次对4个暗纹东方纯群体进行了遗传多样性分析。共获得231个位点,其中多态位点数为156个,占总位点数百分比为67.53%。4个群体内多态位点比例为54.98%-58.87%,群体的Nei’s基因多样性指数（H）为0.1992-0.2005,群体Shannon多样性指数（I）为0.2953-0.3016,群体间基因流（Nm）为4.1291。长江捕捞群体的多态位点比例、基因多样性指数、Shannon多样性指数均略高于其它三个群体。采用UPGMA法对4个群体进行聚类分析显示,上海养殖群体单独聚为一类,其余3个群体聚为另一类。AMOVA结果表明遗传变异主要来源于群体内,占总遗传变异的87.40%。以上结果表明,4个暗纹东方鲀群体具有较高的遗传多样性,群体间相似性较大,并且存在一定的基因交流。
徐营[10]（2011）在《半滑舌鳎微卫星标记开发及在雌核发育群体评价中的应用》文中研究指明半滑舌鳎（Cynoglossus semiliaevis）是我国特有的一种名贵经济海水鱼类,属于近海温水性底层鱼类,我国沿海均有分布,以黄海、渤海为多。市场价值极高,养殖前景非常广阔,是目前我国北方沿海海水鱼类养殖的主要品种之一。本文主要进行了三方面的工作,一是半滑舌鳎多态微卫星标记的开发、筛选;二是利用SSR标记分析半滑舌鳎养殖群体和减数雌核群体的遗传多样性;三是利用SSR标记评价半滑舌鳎雌核发育二倍体的纯合性。主要研究结果如下:本文中,半滑舌鳎微卫星富集文库的构建采用了FIASCO（fast isolation by AFLP of sequences containing repeats）方法,通过克隆、测序得到68条序列含有微卫星重复序列,对这68条序列进行分析,成功设计出45对微卫星引物,经过多态筛选最终获得22个多态的微卫星位点。采用生物学信息技术从半滑舌鳎GenBank数据库中下载获得150条DNA序列,利用软件成功设计出106对微卫星引物,经过多态筛选获得65个多态的微卫星位点。这些多态位点可以为半滑舌鳎的遗传连锁图谱构建、种质资源评估、遗传多样性分析、分子标记辅助育种等研究提供了候选标记。利用24对微卫星引物对半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）的养殖群体和减数分裂雌核发育群体进行遗传多样性分析。结果表明,两个半滑舌鳎群体平均等位基因数分别为7.0和4.8,平均有效等位基因数分别为3.935和2.411,平均观测杂合度（HO）分别为0.7135和0.5865,养殖群体的遗传多样性明显高于减数分裂雌核发育群体。有1个位点在养殖群体中偏离哈代-温伯格平衡,13个位点在减数分裂雌核发育群体中偏离哈代-温伯格平衡。群体间基因分化系数(GST )为0.0936,遗传距离为0.4200,表明两群体间遗传分化显着。本实验对半滑舌鳎卵裂雌核发育诱导条件进行了筛选,筛选出了利用鲈鱼精子诱导半滑舌鳎卵裂雌核发育的的最佳条件:经紫外线(40 mJ·cm-2)灭活的鲈鱼精子与半滑舌鳎卵子授精后22 min,保持海水水温23°C,用静水压在70 MPa下处理4 min,成功获得卵裂雌核发育二倍体。利用8对微卫星标记分别对半滑舌鳎减数雌核发育二倍体和卵裂雌核发育二倍体的纯合性进行检验。结果显示:八个位点中,被检的减数分裂雌核发育二倍体中无全部纯合的个体,在hxts24位点全部为杂合。杂合比例最低的位点是hxts18,为30%。8个位点的平均杂合子比例为79.16%。在被检的卵裂雌核发育半滑舌鳎二倍体中,有9尾在所检测的八个位点全部纯合,纯合个体比例为30%;21尾半滑舌鳎在八个位点未达全部纯合,杂合个体比例为70%。八个微卫星位点中,纯合子比例最高为93.33%（ hxts3）,纯合子比例最低为76.67%（ hxts22,hxts24）,平均纯合子比例为83.76% ,平均杂合子比例仅为16.24 %。结果表明,人工诱导半滑舌鳎减数分裂雌核发育出现很高的重组率,很难获得纯合的半滑舌鳎二倍体;通过静水压抑制第一次卵裂可以获得完全纯合的半滑舌鳎,但同时也存在部分杂合子。
二、大鲵野生亲代与人工繁育子二代的随机扩增多态DNA分析(英文)（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、大鲵野生亲代与人工繁育子二代的随机扩增多态DNA分析(英文)（论文提纲范文）
（1）不同生长环境下花■的形态特征比较（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 数据测量 |
| 1.3 分析方法 |
| 1.3.1 数据预处理。 |
| 1.3.2 主成分分析。 |
| 1.3.3 聚类分析。 |
| 1.3.4 判别分析及判别准确率的计算。 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 主成分分析 |
| 2.2 系统聚类分析 |
| 2.3 判别分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 主成分分析、判别分析和聚类分析的应用 |
| 3.2 野生与人工养殖的生存环境对花形态特征的影响 |
（2）长江中游四大家鱼放流亲本对早期资源和遗传多样性的影响研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 四大家鱼 |
| 1.1.1 四大家鱼生物学特性 |
| 1.1.2 长江水系四大家鱼渔业资源状况 |
| 1.1.3 长江水系四大家鱼种质资源状况 |
| 1.1.4 长江水系四大家鱼资源保护措施 |
| 1.2 增殖放流 |
| 1.2.1 增殖放流的起源与发展 |
| 1.2.2 国内增殖放流现状 |
| 1.2.3 国内四大家鱼增殖放流现状 |
| 1.2.4 增殖放流的效果评估 |
| 1.2.5 分子标记在鱼类增殖放流中的应用 |
| 1.3 鱼类早期资源 |
| 1.3.1 鱼类早期资源调查 |
| 1.3.2 鱼类早期资源调查的相关研究与科学价值 |
| 1.3.3 长江中游四大家鱼早期资源调查进展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.2 立题依据及目的意义 |
| 第3章 青鱼和鳙微卫星多重PCR体系的建立及其群体遗传学应用 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 试验器材 |
| 3.2.3 试剂及溶液配制 |
| 3.2.4 研究方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 青鱼微卫星多重荧光PCR体系的优化结果及其实际应用 |
| 3.3.2 鳙微卫星多重荧光PCR体系优化结果及实际应用 |
| 3.4 讨论 |
| 第4章 长江中游四大家鱼放流亲本群体微卫星基因库的补充和构建 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 实验器材 |
| 4.2.3 试剂与溶液配制 |
| 4.2.4 研究方法 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 青鱼放流亲本群体微卫星基因库的构建 |
| 4.3.2 草鱼放流亲本群体微卫星基因库的补充 |
| 4.3.3 鲢放流亲本群体微卫星基因库的补充 |
| 4.3.4 鳙放流亲本群体微卫星基因库的构建 |
| 4.4 讨论 |
| 第5章 长江中游四大家鱼亲本增殖放流对早期资源量的贡献 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 实验材料 |
| 5.2.2 实验器材 |
| 5.2.3 试剂与溶液配制 |
| 5.2.4 研究方法 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 青鱼 |
| 5.3.2 草鱼 |
| 5.3.3 鲢 |
| 5.3.4 鳙 |
| 5.4 讨论 |
| 第6章 长江中游草鱼和鲢亲本增殖放流对早期资源遗传多样性的影响 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 实验材料 |
| 6.2.2 实验器材 |
| 6.2.3 试剂与溶液配制 |
| 6.2.4 研究方法 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 草鱼 |
| 6.3.2 鲢 |
| 6.4 讨论 |
| 第7章 长江中游四大家鱼渔获物群体遗传多样性现状的研究 |
| 7.1 前言 |
| 7.2 材料与方法 |
| 7.2.1 实验材料 |
| 7.2.2 试验器材 |
| 7.2.3 试剂及溶液配制 |
| 7.2.4 研究方法 |
| 7.3 结果 |
| 7.3.1 序列变异分析 |
| 7.3.2 群体遗传多样性分析 |
| 7.3.3 群体间的遗传分化 |
| 7.3.4 群体的单倍型进化关系 |
| 7.3.5 历史种群动态 |
| 7.4 讨论 |
| 结论 |
| 论文创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 博士在读期间发表的论文、主持及参与的课题 |
| 致谢 |
（3）贵州大鲵种群遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1 大鲵相关简介 |
| 1.1 大鲵形态特征 |
| 1.2 大鲵的生境及分布 |
| 2 中国大鲵资源现状及保护状况 |
| 2.1 全国大鲵资源现状 |
| 2.2 贵州省大鲵资源现状 |
| 2.3 中国大鲵资源保护状况 |
| 3 中国大鲵研究概况 |
| 3.1 中国大鲵的保护遗传学研究 |
| 3.2 中国大鲵形态学研究 |
| 4 生物的遗传多样性和研究方法 |
| 4.1 生物的遗传多样性 |
| 4.2 遗传多样性研究方法 |
| 4.3 提取基因组总DNA的样本 |
| 5 目的及意义 |
| 第二章 贵州大鲵种群的遗传多态性及遗传分化 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 研究样本来源 |
| 1.2 实验试剂及仪器 |
| 1.3 全基因组DNA的提取和纯度检测 |
| 1.4 PCR扩增 |
| 1.5 目的条带检测及测序 |
| 1.6 数据分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 大鲵mtDNA D-loop的序列特征 |
| 2.2 大鲵种群遗传多态性 |
| 2.3 大鲵种群的遗传分化 |
| 3 讨论 |
| 3.1 大鲵mtDNA D-loop区的碱基组成 |
| 3.2 遗传多态性 |
| 3.3 遗传分化 |
| 4 本章小结 |
| 第三章 贵州大鲵的分子亲缘地理学研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 实验试剂及仪器 |
| 1.3 全基因组DNA的提取和纯度检测 |
| 1.4 PCR扩增 |
| 1.5 目的条带检测及测序 |
| 1.6 数据分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 Cytb序列特征 |
| 2.2 单倍型及其分布 |
| 2.3 遗传距离和遗传分化指数 |
| 2.4 系统发育分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 贵州大鲵种群在中国大鲵谱系分化中的地位 |
| 3.2 贵州大鲵种群的亲缘发生关系 |
| 3.3 贵州大鲵种群的历史动态 |
| 4 本章小结 |
| 第四章 贵州省大鲵种群形态学遗传多样性研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 采样标准 |
| 1.2 样本来源 |
| 1.3 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 大鲵身体可量性状分析 |
| 2.2 大鲵身体主要性状比例情况 |
| 2.3 各种群大鲵体色及斑纹的特点 |
| 3 讨论 |
| 3.1 研究方法的选择 |
| 3.2 大鲵体表特征及其差异 |
| 4 本章小结 |
| 第五章 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附表 |
| 附录 |
（4）贵州省3个地理种群大鲵的遗传多样性及遗传结构（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 PCR扩增 |
| 1.3 目的条带检测及测序 |
| 1.4 数据分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 贵州3个地理种群mtDNA D-loop的序列特征 |
| 2.2 贵州3个地理种群mtDNA D-loop的遗传多样性 |
| 2.3 贵州3个地理种群的遗传结构 |
| 3 讨论 |
| 3.1 贵州大鲵mtDNA D-loop区的碱基组成 |
| 3.2 贵州3个种群大鲵的遗传多样性 |
| 3.3 贵州3个种群大鲵的遗传分化及遗传结构 |
（5）黄喉拟水龟种群分化与种质资源研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 我国淡水龟鳖种质资源与研究进展 |
| 一、我国龟鳖类的资源状况 |
| 1. 平胸龟科(Platysternidae) |
| 2. 潮龟科(Geoemydidae) |
| 3. 鳖科(Trionychidae) |
| 二、龟鳖类种质资源研究现状 |
| 1. 无效种的确定 |
| 2. 平胸龟分类地位 |
| 3. 黄喉拟水龟与安南龟分类研究现状 |
| 4. 三线闭壳龟分类研究 |
| 三、龟鳖类种质资源研究方法 |
| 1.形态分析 |
| 2.DNA多态性分析 |
| 第二章 黄喉拟水龟各种群的形态变异分析 |
| 1.前言 |
| 2.材料与方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 第三章 基于微卫星分子标记的黄喉拟水龟不同种群遗传多样性分析 |
| 1.引言 |
| 2.材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 微卫星标记开发 |
| 2.3 微卫星引物扩增 |
| 2.4 微卫星数据分析 |
| 3.结果 |
| 3.1 微卫星引物筛选 |
| 3.2 黄喉拟水龟4个种群的微卫星遗传多样性 |
| 4.讨论 |
| 第四章 基于线粒体和核基因保守序列对黄喉拟水龟与安南龟的遗传关系研究 36 |
| 1.引言 |
| 2.材料与方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 4.1 线粒体与核基因碱基多态性的特点 |
| 4.2 DNA条形码基因对黄喉拟水龟与安南龟的鉴定 |
| 4.3 安南龟的分类地位 |
| 第五章 黄喉拟水龟及安南龟线粒体全序列测定及进化分析 |
| 1.引言 |
| 2.材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 线粒体全序列测定 |
| 2.3 线粒体全序列重测序 |
| 3.结果 |
| 3.1 黄喉拟水龟三个种群及安南龟线粒体全序列特征 |
| 3.2 基于线粒体全序列的近缘种进化分析 |
| 3.3 线粒体DNA重测序 |
| 4.讨论 |
| 第六章 基于简化基因组测序分析黄喉拟水龟各种群与安南龟的关系 |
| 1.引言 |
| 2.材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 文库构建与测序 |
| 2.3 测序片断的从头组装 |
| 2.4 组装片断的功能注释 |
| 2.5 SNP鉴定与进化分析 |
| 2.6 微卫星分子标记筛选与验证 |
| 3.结果 |
| 3.1 测序片断与从头组装 |
| 3.2 片断功能注释 |
| 3.3 SNP鉴定和进化分析 |
| 3.4 微卫星标记验证 |
| 4.讨论 |
| 第七章 黄喉拟水龟雌雄个体脑-性腺转录组测序与分析 |
| 1.引言 |
| 2.材料与方法 |
| 2.1 实验样品及总RNA提取 |
| 2.2 文库构建、库检及测序 |
| 2.3 数据分析 |
| 3.结果 |
| 3.1 转录组组装 |
| 3.2 基因注释 |
| 3.3 雌雄个体基因表达差异 |
| 3.4 SNP标记鉴定 |
| 3.5 微卫星标记鉴定 |
| 3.6 与繁殖活动相关的基因与分子标记 |
| 4.讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 读博期间研究成果 |
| 本研究课题来源 |
| 致谢 |
（6）基于转录组数据的大鲵免疫功能基因的发掘及EST-SSR的筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 大鲵研究进展 |
| 1.1.1 大鲵功能基因研究进展 |
| 1.1.2 大鲵遗传多样性研究进展 |
| 1.2 第二代测序技术研究进展 |
| 1.2.1 RNA-seq 技术简介 |
| 1.2.2 RNA-seq 技术应用 |
| 1.3 EST-SSR 分子标记研究进展 |
| 1.4 研究的目的与意义 |
| 第二章 大鲵皮肤和脾脏转录组测序及转录本分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料方法 |
| 2.2.1 实验动物 |
| 2.2.2 主要实验设备 |
| 2.2.3 主要生物信息分析软件 |
| 2.2.4 实验方法 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 序列组装拼接 |
| 2.3.2 大鲵脾脏和皮肤转录组数据库分析 |
| 2.3.3 EST-SSR 分子标记的筛选及分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 大鲵脾脏和皮肤转录组测序及序列拼接 |
| 2.4.2 大鲵脾脏和皮肤基因功能分布及免疫基因组成特点 |
| 2.4.3 EST-SSR 出现频率和分布特点 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 大鲵免疫基因筛选鉴定及表达分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料方法 |
| 3.2.1 实验动物 |
| 3.2.2 主要实验设备 |
| 3.2.3 实验方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 组织特异性表达分析及免疫基因的筛选 |
| 3.3.3 大鲵皮肤和脾脏主要免疫基因表达模式分析 |
| 3.3.4 大鲵皮肤和脾脏主要免疫基因细胞定位 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 组织差异表达分析及免疫基因的筛选 |
| 3.4.3 大鲵皮肤和脾脏主要免疫基因表达模式分析 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 结论与创新点 |
| 结论 |
| 创新点 |
| 进一步研究内容 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（7）钝吻黄盖鲽微卫星位点的开发及群体遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 1.1 钝吻黄盖鲽研究综述 |
| 1.1.1 钝吻黄盖鲽形态特征 |
| 1.1.2 钝吻黄盖鲽生活习性 |
| 1.1.3 钝吻黄盖鲽分布概况 |
| 1.1.4 钝吻黄盖鲽繁殖和养殖概况 |
| 1.1.5 钝吻黄盖鲽研究进展 |
| 1.2 新一代测序技术发展状况 |
| 1.2.1 新一代测序技术的特点 |
| 1.2.2 新一代高通量测序技术 |
| 1.2.3 新一代测序技术动植物研究中的应用 |
| 1.3 分子标记 |
| 1.3.1 分子标记的定义、分类及应用 |
| 1.3.2 微卫星（SSR）分子标记 |
| 1.3.3 微卫星（SSR）分子标记的应用 |
| 1.3.3.1 基因组连锁图构建 |
| 1.3.3.2 系谱认证 |
| 1.3.3.3 遗传多样性分析 |
| 1.4 微卫星的开发方法 |
| 1.4.1 构建小片段基因组文库 |
| 1.4.2 通过数据库检索微卫星序列 |
| 1.4.3 利用近缘种的微卫星序列 |
| 1.4.4 构建微卫星 DNA 富集文库筛选微卫星标记 |
| 1.4.5 Roche 454 开发方法 |
| 1.5 研究的目的及意义 |
| 第二章 基于 Roche 454 GS FLX 的钝吻黄盖鲽微卫星标记的开发 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 样品来源 |
| 2.1.2 主要试剂和耗材 |
| 2.1.3 钝吻黄盖鲽基于 Roche454 GS FLX 微卫星富集文库的构建 |
| 2.1.3.1 DNA 的提取，片段化和连接 |
| 2.1.3.2 SSR 探针的合成，文库变性 |
| 2.1.3.3 SSR 文库磁珠富集、清洗及洗脱 |
| 2.1.3.4 SSR 富集及纯化 |
| 2.1.3.5 Roche 上机 |
| 2.1.3.6 数据分析 |
| 2.3.1.7 多态性检测 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 高通量测序结果 |
| 2.2.2 微卫星位点片段分布大小的总体情况 |
| 2.2.3 毛细管电泳荧光标记检测 |
| 2.2.4 位点多态性检测 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 探针的选择 |
| 2.3.2 聚类分析 |
| 2.3.3 Roche454 开发微卫星位点的优势 |
| 第三章 钝吻黄盖鲽野生和养殖群体的遗传多样性分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 样品来源 |
| 3.1.2 主要试剂和耗材 |
| 3.1.3 钝吻黄盖鲽微卫星位点的合成与扩增 |
| 3.1.4 数据分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 DNA 的提取纯化及浓度测定 |
| 3.2.2 微卫星位点基因分型 |
| 3.2.3 野生和养殖群体的遗传多样性 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 钝吻黄盖鲽野生和养殖群体的遗传多样性 |
| 3.3.2 哈温平衡 |
| 3.3.3 群体遗传结构 |
| 3.3.4 荧光标记毛细管电泳技术 |
| 第四章 钝吻黄盖鲽微卫星位点在近缘物种的通用性研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 样品来源及 DNA 提取 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.1.3 钝吻黄盖鲽微卫星位点的跨种筛选与多样性检测 |
| 4.1.4 数据分析 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 DNA 的提取纯化及浓度测定 |
| 4.2.2 钝吻黄盖鲽微卫星位点对其它物种的通用性 |
| 4.2.3 群体遗传多样性 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 发表学术论文 |
（8）大鲵遗传多样性及皮肤附属物特性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 大鲵简介 |
| 1.2 大鲵形态特征 |
| 1.3 大鲵生活习性 |
| 1.4 大鲵生物学研究进展 |
| 1.5 大鲵资源现状 |
| 1.6 分子标记在物种遗传多样性中的应用 |
| 1.7 两栖动物皮肤附属物研究进展 |
| 1.8 本文研究内容目的和意义 |
| 2 大鲵遗传多样性的评价 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 本章小结 |
| 3 大鲵皮肤分泌物组成及理化特性 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 本章小结 |
| 4 大鲵皮肤分泌物水溶物的毒性 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 本章小结 |
| 5 大鲵蜕皮的组成及治疗烧伤功效作用研究 |
| 5.1 实验材料 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 本章小结 |
| 6 总结与展望 |
| 6.1 全文总结 |
| 6.2 本文创新点 |
| 6.3 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 攻读学位期间发表论文及申请专利 |
| 附录 大鲵皮肤分泌物蜕皮和肝脏12S rRNA基因核苷酸序列比对 |
（9）暗纹东方鲀种群遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1 暗纹东方鱿的研究概况 |
| 1.1 暗纹东方纯的分类地位,分布及外部形态特征 |
| 1.2 暗纹东方纯的生活习性 |
| 1.3 暗纹东方纯的繁殖习性 |
| 1.4 暗纹东方纯的苗种培育和人工养殖技术研究 |
| 1.5 暗纹东方纯的经济意义 |
| 1.6 暗纹东方纯分子遗传学研究 |
| 2 分子标记在鱼类遗传多样性研究中的应用 |
| 2.1 基于RFLP标记技术研究 |
| 2.2 基于RAPD标记技术研究 |
| 2.3 基于AFLP标记技术研究 |
| 2.4 基于SRAP标记技术研究 |
| 2.5 基于TRAP标记技术研究 |
| 2.6 基于线粒体DNA标记技术研究 |
| 2.7 基于SNP标记技术研究 |
| 3 微卫星分子标记及其在水产动物研究中的应用 |
| 3.1 微卫星(mieorsatellite)DNA的定义 |
| 3.2 微卫星分子标记的优点和缺点 |
| 3.3 微卫星序列的获得 |
| 3.3.1 利用近缘物种的微卫星序列 |
| 3.3.2 寻找已经发表的微卫星序列或引物 |
| 3.3.3 基因组文库测序法 |
| 3.3.4 富集微卫星分离法 |
| 3.4 微卫星在水产动物研究中的应用 |
| 3.4.1 遗传多样性和遗传结构分析 |
| 3.4.2 遗传图谱构建 |
| 3.4.3 数量性状定位 |
| 3.4.4 亲缘关系分析 |
| 3.4.5 进化方面的应用 |
| 4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 红鳍东方纯微卫星标记对的暗纹东方纯适用性 |
| 1. 实验材料和方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 主要仪器设备、试剂和配制方法 |
| 1.2.1 主要仪器设备 |
| 1.2.2 主要药品和试剂 |
| 1.2.3 主要试剂配制 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 基因组DNA的提取 |
| 1.3.2 基因组DNA电泳检测 |
| 1.3.3 微卫星引物筛选和PCR扩增 |
| 1.3.4 微卫星PCR产物的聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 1.3.5 银染检测 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 暗纹东方纯肌肉组织基因组DNA提取结果 |
| 2.2 微卫星引物筛选结果 |
| 3 讨论 |
| 第三章 暗纹东方纯4个群体的遗传多样性分析 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料来源 |
| 1.2 基因组DNA提取 |
| 1.3 微卫星引物合成 |
| 1.4 P C R扩增及产物电泳检测 |
| 1.5 数据处理 |
| 1.5.1 有效等位基因数(Effective number of alleles,Ne) |
| 1.5.2 杂合度(Heterozygosity,H) |
| 1.5.3 遗传相似系数(Genetic identity,I) |
| 1.5.4 遗传距离(Genetic distance,D) |
| 1.5.5 基因分化系数(Fixation index,Fst) |
| 1.5.6 基因流(Gene flow,Nm) |
| 1.5.7 Hardy—Weinberg平衡偏离指数 |
| 1.5.8 多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC) |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 微卫星PCR结果 |
| 2.2 遗传多样性分析 |
| 2.3 Hardy-Weinberg平衡分析 |
| 2.4 群体遗传结构分析 |
| 2.4.1 基因流和种群分化指数 |
| 2.4.2 遗传相似系数和遗传距离 |
| 2.4.3 聚类分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 引物适用性 |
| 3.2 群体遗传多样性分析 |
| 3.3 群体Hadery-Weinberg平衡检测 |
| 3.4 群体间遗传结构分析 |
| 第四章 暗纹东方纯SRAP-PCR体系的建立 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料和试剂 |
| 1.2 基因组DNA提取 |
| 1.3 PCR反应 |
| 1.4 正交设计及优化体系的检验 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 正交试验结果及分析 |
| 2.2 因素内各水平对PCR结果的影响 |
| 2.2.1 Mg~(2+)浓度对PCR结果的影响 |
| 2.2.2 Taq酶用量对PCR结果的影响 |
| 2.2.3 模板DNA含量对PCR结果的影响 |
| 2.2.4 dNTPs浓度对PCR结果的影响 |
| 2.2.5 引物浓度对PCR结果的影响 |
| 2.3 体系验证 |
| 3 讨论 |
| 第五章 利用SRAP标记研究暗纹东方纯群体4个群体的遗传多样性 |
| 1 实验材料和方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 基因组DNA提取 |
| 1.3 SRAP-PCR反应 |
| 1.4 电泳检测 |
| 1.5 数据处理与分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 SRAP引物筛选和扩增图谱 |
| 2.2 群体遗传多样性分析 |
| 2.3 群体变异分析 |
| 2.4 遗传距离和聚类分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 SRAP技术在暗纹东方纯种质资源研究中的可靠性 |
| 3.2 遗传多样性水平 |
| 3.3 群体遗传分化分析 |
| 3.4 遗传多样性保护与利用 |
| 3.5 SSR和SRAP两种分子标记结果的比较 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
（10）半滑舌鳎微卫星标记开发及在雌核发育群体评价中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 1 分子遗传标记技术概述 |
| 1.1 限制性片段长度多态性（Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP） |
| 1.2 随机扩增多态DNA（Random Amplified Polymorphic DNA，RAPD） |
| 1.3 扩增片段长度多态性（Amplified Fragment Length Polymorphism，AFLP） |
| 1.4 简单序列重复（Simple Sequence Repeats, SSR） |
| 1.5 单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP） |
| 2 微卫星分子标记的筛选方法 |
| 2.1 数据库或相关文献中查询 |
| 2.2 跨种扩增法 |
| 2.3 筛选基因组文库法 |
| 2.4 选择性杂交法 |
| 2.4.1 尼龙膜富集法 |
| 2.4.2 磁珠富集法 |
| 2.4.3 FIASCO 法 |
| 2.5 引物法富集微卫星 |
| 3 微卫星分子标记在水产动物中的应用 |
| 3.1 遗传多样性分析 |
| 3.2 群体遗传结构分析 |
| 3.3 亲子鉴定和群体亲缘关系分析 |
| 3.4 遗传图谱构建 |
| 3.5 分子标记辅助育种 |
| 3.6 鱼类种质资源的保护 |
| 4 本文的研究目的和意义 |
| 第二章 半滑舌鳎微卫星DNA 标记的开发及多态位点的筛选 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验样品 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 基因组DNA 的提取 |
| 2.2.2 微卫星基因组富集文库的构建、克隆测序 |
| 2.2.3 测序获得序列分析及引物设计 |
| 2.2.4 生物信息学方法获得序列分析及引物设计 |
| 2.2.5 多态性微卫星位点的筛选 |
| 2.2.6 聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳 |
| 2.2.7 数据统计分析 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 第三章 半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)养殖群体和减数分裂雌核发育群体的微卫星标记遗传多样性分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 样品采集及DNA 提取 |
| 2.2 PCR 反应及微卫星分析 |
| 2.3 数据分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 半滑舌鳎养殖群体和人工诱导群体微卫星位点的遗传多样性 |
| 3.2 半滑舌鳎群体内和群体间变异 |
| 4 讨论 |
| 第四章 半滑舌鳎雌核发育二倍体纯合性的SSR 分析 |
| 1 引言 |
| 2 半滑舌鳎异源卵裂雌核发育诱导条件的筛选 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 鲈鱼精子紫外线灭活与授精 |
| 2.2.2 处理起始时间的筛选 |
| 2.2.3 处理持续时间的筛选 |
| 2.2.4 处理压力强度的筛选 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 处理起始时间 |
| 2.3.2 静水压处理条件 |
| 2.4 结论 |
| 3 微卫星评价半滑舌鳎雌核发育二倍体纯合性 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 雌核发育二倍体的获得 |
| 3.1.2 基因组DNA 的提取 |
| 3.1.3 PCR 反应及微卫星分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 亲本杂合位点的筛选 |
| 3.2.2 微卫星分析 |
| 3.3 讨论 |
| 参考文献 |
| 硕士期间完成的论文 |
| 致谢 |
四、大鲵野生亲代与人工繁育子二代的随机扩增多态DNA分析(英文)（论文参考文献）
- [1]不同生长环境下花■的形态特征比较[J]. 雷宁,曾建刚,沈小明,叶金云,朱俊杰. 安徽农业科学, 2021(04)
- [2]长江中游四大家鱼放流亲本对早期资源和遗传多样性的影响研究[D]. 陈会娟. 西南大学, 2019(01)
- [3]贵州大鲵种群遗传多样性研究[D]. 吴俣学. 贵州大学, 2017(04)
- [4]贵州省3个地理种群大鲵的遗传多样性及遗传结构[J]. 吴俣学,谢巧雄,姚俊杰,崔巍,周红霞,李晓林. 水产科学, 2017(02)
- [5]黄喉拟水龟种群分化与种质资源研究[D]. 赵建. 上海海洋大学, 2015(03)
- [6]基于转录组数据的大鲵免疫功能基因的发掘及EST-SSR的筛选[D]. 李锋刚. 西北农林科技大学, 2014(02)
- [7]钝吻黄盖鲽微卫星位点的开发及群体遗传多样性分析[D]. 潘婷. 上海海洋大学, 2014(03)
- [8]大鲵遗传多样性及皮肤附属物特性研究[D]. 郭文韬. 华中科技大学, 2013(02)
- [9]暗纹东方鲀种群遗传多样性研究[D]. 程长洪. 南京农业大学, 2011(01)
- [10]半滑舌鳎微卫星标记开发及在雌核发育群体评价中的应用[D]. 徐营. 上海海洋大学, 2011(04)